養殖戶在飼養鴨的過程中要定期給鴨舍消毒，在給鴨舍消毒時要注意以下幾個問題：
1．要根據消毒藥物的性質和消毒對象，掌握好藥物濃度和作用時間。
2．鴨舍在消毒前，要先徹底清掃。
3．要注意消毒藥要求的酸堿度。
4．不同的病原體對不同的消毒藥敏感性有很大差別。養殖戶在消毒時盡量不要用兩種消毒藥物配合使用，并且兩種不同性質的消毒藥使用時要隔開時間。
5．噴霧消毒時最好選氣溫較高的中午，以防水分蒸發而使舍內溫度降低，引起鴨受涼造成鴨群患病。另外，消毒前一天給鴨群飲用0.1%維生素C水或水溶性多種維生素溶液。
6．選擇刺激性小、高效低毒的消毒劑，如0.02%百毒殺、0.2%抗毒威、0.1%新潔爾滅、0.3%-0.6%毒菌凈、0.3%-0.5%過氧乙酸等。
7．在選擇消毒藥時，要多種輪換，交叉使用，防止病原微生物產生抗藥性，每周更換一種消毒藥，這樣可以針對不同微生物發揮作用。
8．鴨舍內的消毒不應只是簡單的噴灑一遍，應重視天棚、門窗、供水系統及排污溝等衛生死角的消毒，防止這些地方變成了病原菌繁殖的場所。
9．消毒藥的酸堿性一定要與所用水的酸堿性一致，否則不但效果差，甚至會無效。
10．用生石灰消毒時，要把生石灰加水變成熟石灰，再用熟石灰加水配成乳濁液消毒。石灰水必須現配現用，不能停留時間過長，否則易使石灰水形成碳酸鈣而降低消毒效果。在干燥的天氣不用石灰粉在鴨舍內撒布消毒，避免漂浮在鴨舍內的石灰粉吸入鼻腔和氣管，誘發呼吸道病。