孵化場在貯存種蛋時一定要注意貯存的環境溫度及貯存時的時間，管理人員在若貯存種蛋時一定要根據存放的時間和季節做好調控，同時，還要求貯存溫度的相對恒定，不可忽高忽低。如過高或過低，都會對胚蛋造成不良影響。養殖戶在儲存時需要注意以下幾個事項：
當貯存溫度高于23.9時，胚胎開始發育，這會導致在孵化過程中部分鴨胚早期死亡，以及孵化時死胎量增加；
當環境溫度低于5甚至0 以下時，就會使種蛋因低溫應激或者受凍而不能用于孵化；
    若環境溫度長時間低于10，種蛋也會因長時間的低溫應激而失去繼續發育的能力。種蛋貯存期間的溫度可根據時間長短來確定。家禽的體溫為40～43,種蛋產出到貯存應是一個逐漸降溫的過程。如降溫過快，會對胚胎造成一定的損害。一般降溫時間以0.5～1天為宜。同樣道理，種蛋由貯存室轉入孵化室進行孵化前也應是一個逐漸升溫的過程，溫度上升的不可過快。
     環境濕度合理，種蛋在貯存過程中，蛋內水分會通過蛋殼上的氣孔不斷向外散發，導致種蛋氣室增大、失重，隨著時間的延長，會使種蛋孵化率降低甚至失去活力。所以，種蛋需貯存在相對濕度為70%～80%的環境中，以延緩這一變化趨勢。若相對濕度過低，胚蛋內的水分會通過蛋殼表面的小孔散失，導致胚胎脫水；過高又容易出現蛋殼表面霉菌滋生的現象。此外，還有兩點需要注意：當種蛋由冷庫向溫度高的地方轉運時，水蒸氣會凝集到蛋殼上，形成水滴，俗稱冒汗。種蛋冒汗不僅不利于操作，而且容易受到細菌污染。可以從逐步提高蛋溫與降低濕度兩個方式解決種蛋出汗問題，實踐中多采用逐步提高蛋溫辦法。同時，要注意決不能用甲醛熏蒸有水汽的種蛋，要待全部種蛋都干燥后方可熏蒸。經過溶液浸泡或清洗的種蛋，因其蛋殼表面的膠質層已被破壞，種蛋失去了良好的天然保護屏障，某些病原微生物容易進入蛋內，進而影響胚蛋的質量，使其活力下降甚至失去活力，因此，經過浸洗的種蛋保存時間決不能過長，通常以2天為限。