在日常的管理過程中，雞舍的消毒工作是不可避免的，養殖戶必須定期給雞舍消毒，防治疫病的發生。一般養殖戶需重視下面三個時間斷的消毒工作。
　　進雞之前，要對圈舍進行消毒。對圈舍消毒一般采用熏蒸消毒。料槽、飲水器具用消毒液消毒即可，也可以放在圈舍內一些熏蒸消毒。如果不是第一次養殖，那么對圈舍消毒就是從雞只出欄開始的。肉雞出欄后，肉雞舍內外病原微生物較多，必須來一次徹底清洗和消毒。消毒肉雞舍的地面、墻壁及其周邊，所有的糞便要集中成堆，讓其發酵，所有養殖工具要清洗和藥物消毒。消毒前，要對圈舍先進行打掃、清洗，把有機廢物清掃干凈，以便提高消毒效果。
　　日常消毒，也可以理解為定期消毒。多長期間進行一次消毒，這個沒有嚴格標準，提高消毒密度是有必要的。在消毒時，要注意消毒藥物的輪換使用，以免病原微生物產生抗藥性和耐藥性。規模養殖場一般都有嚴格的消毒制度和措施，而普通農戶養殖數量較少，建議一個星期消毒。
發生疫情緊急消毒。一旦確定雞群發生疫病，除了進行有效的隔離外，消毒是必須的，而且要迅速。迅速清理所有飼料、飲水和糞便，并實施緊急消毒，必要時還要對飼料和飲水進行消毒。如果是場子以外的肉雞場戶發生傳染病時，也需要進行徹底的加強免疫和消毒工作。