由于腸毒綜合癥雖然可引起生長速度緩慢，但引起的死亡率并不是特別大，所以往往被人們所忽視，有的養殖戶由于對本病的認識不足，在治療時往往走入誤區。
誤區一：用多種維生素
多種維生素可以補充營養、增強機體抵抗力，但是雞患腸毒綜合癥時要禁止使用，不但如此，大腸桿菌、沙門氏菌及其它致病菌引起的消化道也不能用。因為發生腸毒綜合癥時，腸道功能已經紊亂，會造成營養吸收障礙，有害的物質卻沒少吸收。同時飼料在消化道內和脫落的腸黏膜混合在一起，導致細菌大量繁殖，此時如果增加多種維生素，一則吸收不了，二則增加了腸內容物的營養反而利于有害菌繁殖，對治療有百害而無一利。
誤區二：發病早期用猛藥
在腸毒綜合癥發現的早期，人們往往像對待其它傳染病一樣，抓緊時間下猛藥治療，但結果往往是用藥后死亡率立刻顯現，并且治療兩個療程以上才有所減輕，為什么？原因很簡單，革蘭氏陰性菌在腸道大量繁殖，可導致腸道消化功能紊亂，使球蟲繁殖釋放大量有害物質，再加上使用大劑量抗生素治療后，革蘭氏陰性菌死亡解體釋放的超劑量內毒素，可引起機體調節系統紊亂甚至休克死亡。
誤區三：強制止瀉
很多雞病都能引起腹瀉，腸毒綜合癥更是如此，發生腸毒綜合癥后病雞通常排黃色、暗紅色、褐色糖稀樣的糞便，很多獸醫工作者的第一反應通常是立即用藥止瀉，仿佛止瀉成功與否決定了治療的成敗，但是腸毒綜合癥死亡率高的原因不在于腹瀉，而是自體中毒，因此如果強制止瀉反而加劇了自體中毒，死亡率會不降反升，或者是投藥數天后效果不佳。所以，發生腸毒綜合癥應該是引導排毒，而不是一味止瀉。
誤區四：拌料給藥
腸毒綜合癥會導致雞不斷勾料，再加雞只發病后采食量會出現不同程度的下降，如果此時拌料給藥，就會導致飼料被大多數健康雞和癥狀輕微的雞吃了，病雞沒食欲，或者吃的很少，達不到治療效果，不能產生應有的療效。
治療腸毒綜合癥第一要務是治療球蟲，用磺胺類藥物才是正確的選擇。可在飲水、飼料中使用磺胺類藥物，進行治療。