成雞與雛雞分開喂養，以免帶蟲的成年雞散播病原導致雛雞爆發球蟲病。
加強飼養管理：保持雞舍干燥、通風和雞場衛生，定期清除糞便，堆放;發酵以殺滅卵囊。保持飼料、飲水清潔，籠具、料槽、水槽定期消毒，一般每周一次，可用沸水、熱蒸氣或3%～5%熱堿水等處理。據報道：用球殺靈和1∶200的農樂溶液消毒雞場及運動場，均對球蟲卵囊有強大殺滅作用。每千克日糧中添加0.25～0.5mg硒可增強雞對球蟲的抵抗力。補充足夠的維生素K和給予3～7倍推薦量的維生素A可加速雞患球蟲病后的康復。
免疫預防：據報道，應用雞胚傳代致弱的蟲株或早熟選育的致弱蟲株給雞免疫接種，可使雞對球蟲病產生較好的預防效果。亦有人利用強毒株球蟲采用少量多次感染的涓滴免疫法給雞接種，可使雞獲得堅強的免疫力，但此法使用的是強毒球蟲，易造成病原散播，生產中應慎用。此外有關球蟲疫苗的保存、運輸、免疫時機、免疫劑量及免疫保護性和疫苗安全性等諸多問題，均有待進一步研究。
藥物防制：迄今為止，國內外對雞球蟲病的防制主要是依靠藥物。使用的藥物有化學合成的和抗生素兩大類，從1936年首次出現專用抗球蟲藥以來，已報道的抗球蟲藥達40余種，現今廣泛使用的有20種。中國養雞生產上使用的抗球蟲藥品種，包括進口的和國產的，共有十余種。
氯苯胍：預防按30～33 mg/kg濃度混飼，連用1～2個月，治療按60～66mg/kg混飼3～7d，后改預防量預以控制。
氯羥吡啶(可球粉，可愛丹)：混飼預防濃度為125～150 mg/kg，治療量加倍。育雛期連續給藥。
氨丙啉：可混飼或飲水給藥。混飼預防濃度為100～125mg/kg， 連用2～4周;治療濃度為250 mg/kg，連用1～2周，然后減半，連用2～4周。應用本藥期間，應控制每千克飼料中維生素B1的含量以不超過10 mg為宜，以免降低藥效。
用加強氨丙啉預防，按66.5～133 mg/kg濃度混飼，治療濃度加倍。強效氨丙啉和特強效氨丙啉的用法同加強氨丙啉，但產蛋雞限用。
硝苯酰胺(球痢靈)：混飼預防濃度為125 mg/kg, 治療濃度為250～300 mg/kg，連用3～5d。
呋喃唑酮(痢特靈)可混飼或飲水給藥。預防濃度為100～200 mg/kg, 連用1 周，停藥2～3d，如此重復使用;治療濃度為300～400 mg/kg，連用1周，再改用預防量。使用本藥必需注意與飼料或飲水混合均勻。
莫能霉素：預防按80～125 mg/kg濃度混飼連用。與鹽霉素合用有累加作用。
鹽霉素(球蟲粉，優素精)：預防按60～70 mg/kg濃度混飼連用。
奈良菌素：預防按50～80 mg/kg濃度混飼連用。與尼卡巴嗪合用有協同作用。
馬杜拉霉素(抗球王、杜球、加福)：預防按5～6 mg/kg濃度混飼連用。
阿波殺：按40～60 mg/kg濃度混飼或飲水給藥均可。
常山酮(速丹)：預防按3 mg/kg濃度混飼連用至蛋雞上籠，治療用6 mg/kg混飼連用1周，后改用預防量。
尼卡巴嗪：混飼預防濃度為100～125mg/kg ，育雛期可連續給藥。
殺球靈：主要作預防用藥，按1 mg/kg濃度混飼連用。
百球清：主要作治療用藥，按25～30 mg/kg濃度飲水，連用2d。
磺胺類藥：對治療已發生感染的優于其他藥物，故常用于球蟲病的治療。常用的磺胺藥有：復方磺胺-5-甲氧嘧啶(SMD-TMP)，磺胺喹惡啉(SQ)，磺胺間二甲氧嘧啶(SDM)，磺胺間六甲氧嘧啶(SMM，DS—36，制菌磺)，磺胺二甲基嘧啶(SM2)，磺胺氯吡嗪，磺胺增效劑—二甲氧芐氨嘧啶(DVD)或三甲氧芐氨嘧啶(TMP)。