櫻桃谷鴨易發疾病較多，一旦發病，就會造成較大損失。大部分疫病可通過接種疫苗來進行防控，如鴨瘟、禽霍亂、鴨疫里默氏桿菌病等。因此，在日常飼養管理中要加強免疫接種，增強機體特導性抗病能力。在種鴨免疫接種過程中，關鍵是要減少免疫應激、避免免疫失敗，須做到以下幾點：
1.強化科學免疫。根據本場的既往病史和養殖的實際情況選擇適當的疫苗，制定科學的免疫程序。對免疫效果差的疫苗要多次加強免疫，以確保獲得能起到有效保護作用的抗體水平。對于多日齡多批次混養的鴨場，要加強以禽流感為免疫重點的疫病防控，必須強化對多種型號禽流感的免疫接種工作，確保產蛋期禽流感抗體能起到有效的保護作用。
2.加強抗體監測。影響疫苗免疫效果的因素很多，如疫苗質量及保存條件、免疫操作、種鴨健康狀況等，只有通過抗體監測才能科學評估免疫效果，對免疫不達標的種鴨應及時進行補免。
3.完善臺賬記錄。做好養殖場的養殖臺賬記錄，將生產過程中所做的工作和遇到的情況進行詳細記錄，以備遇到問題查找原因和在生產周期結束后進行總結。
一、強化種鴨保健
氣候突變、免疫接種、飼料更換等外部因素，很容易造成鴨群出現應激反應。應激反應會使鴨群采食量減少、免疫水平降低，從而影響免疫抗體的產生，使鴨群的易感性增強。為降低應激反應的影響，須做到以下幾點：
1.添加免疫增強劑。在鴨群飼料或飲水中添加寡聚糖、黃芪多糖、維生素C、β-葡聚糖、左旋咪唑等免疫增強劑，可直接或間接提高鴨群的免疫水平；或通過增殖雙歧桿菌等有益菌，提高鴨群的體液和細胞免疫能力，從而提高機體產生免疫抗體的水平。
2.加強應激馴化。在不同的飼養階段，有計劃地對鴨群進行低強度應激刺激，提高鴨群的抗應激能力，從而增強鴨群非特異性抗病能力。
3.確保營養全面。維生素A、維生素B、維生素E和硒、鋅等微量元素的缺乏會影響鴨群的免疫力，因而在不同的飼養階段，供給鴨群充足全面的營養，使鴨群處于健康狀態，是確保鴨群免疫效果的一個重要前提。
二、加強高產期疫病防治
產蛋期是種鴨養殖的關鍵時期，直接關系到養殖效益的好壞。由于種鴨在高產期使用高能飼料，營養轉化快、消耗大，鴨群容易疲勞，抗病、抗應激能力下降，易發病。鴨高產期易發病，需從多個方面進行防控。
1.減少應激。加強飼養管理，確保營養充足，盡量保持鴨群處于平穩、良好的生產環境中；同時，使用寡聚糖、黃芪多糖、巴爾麥氏等能提高免疫力的添加劑。
2.降低脂肪肝發生率。種鴨在產蛋中后期，普遍具有不同程度的脂肪肝癥狀，主要是因為生產鴨群使用玉米等高能量飼料較多，肝臟負荷大。可根據種鴨長期使用高能量日糧的特點，通過在日糧中添加膽堿、維生素B12、維生素E等來避免或減輕本病的危害。
3.謹防黃病毒感染。前兩年國內出現的鴨黃病毒感染，對種鴨養殖是個重大打擊，該病主要引起種鴨、蛋鴨產蛋率大幅下降，甚至絕產；剖檢病變以卵泡出血、壞死、變性為主，其他無明顯變化。目前該病無特效治療藥物，應采取封閉飼養等綜合性防控措施；對發病鴨群使用鴨疫快克、黃芪多糖等藥物，可縮短發病時間，加快鴨群恢復生產。
4.減少霉菌毒素中毒。水禽養殖場所空氣濕度大，如果飼料保存不當很容易發霉。霉菌及其毒素會直接或間接導致鴨群發病，影響其生殖系統發育。對于出現明顯臨床癥狀的病例，如鴨霉菌性肺炎，很容易進行診斷和治療；但養殖戶較易忽視霉菌毒素引起的鴨群亞健康狀態。低水平的霉菌毒素能損傷鴨的生殖系統、降低免疫效果、誘發各種疾病。生產過程中，可通過使用酵母細胞壁多糖、黏土、硅鋁酸鹽以及市場上商品化的脫霉制劑來減少霉菌毒素的危害。