大量的養殖畜禽使我國的環境受到嚴重污染，就目前污染現狀我們不得不進行治理，以下是我國采取的治理措施和取得的成效。
一、采取的措施和成效
近幾年江蘇省金壇市結合太湖流域污染綜合治理的要求，按照減量化、資源化、無害化、生態化原則，采取了多種治理模式。
1.農牧結合、資源循環利用模式
即一些分散的養殖戶將家禽排泄物簡易堆漚發酵直接用于種植業做基肥。
2.建生物有機肥廠
由工廠集中回收一部分養殖場(戶)的家畜糞便，經生物發酵制成生物有機肥包裝上市。
3.進行生態化處理
畜禽糞便一沼氣(沼液)一作物(水產)多種生態循環模式。
4.“三水合一”治理模式
將養殖戶的廚房、生活及畜禽養殖污水，通過管網排到集中建立的沼氣池進行發酵處理。
盡管采取了上述諸多措施，但用水量大的豬場和水禽養殖場依然矛盾突出，雖然這些糞便是優質的有機肥源，但農民不愿花勞力和成本去運輸和使用，形成了較為突出的一對矛盾。
二、幾點建議
為了從根本上解決畜禽排泄物對環境的污染，特提以下幾點建議。
1.完善法律法規
對現有的《畜禽養殖污染防治意見》應加以完善，對發展畜禽養殖要設定相應的門檻，并建立較為規范的審批制度，制定必要的建設標準，對新發展養殖戶要簽訂糞便治理責任狀。對違規違法行為要有明確的罰則，使畜牧業的發展納入規范化、制度化、法制化牟力道。
2.加大政策扶持力度
由于養殖企業均建在較為偏辟地帶，收集糞便運輸成本較大，政府應對有機肥加工企業給予適當的經費補貼，以鼓勵他們多收集、擴大生產規模。同時要加大對使用有機肥的農戶和企業給予補貼。這樣一方面可大大減少化學肥料使用量，從而減少面源污染，另一方面可大大提升農產品的品質。
3.建立沼液處理合作社
由于沼液是畜禽糞便經過高溫發酵而形成的，因而它是優質的優質肥料，花卉苗木、茶葉、蔬菜及優質稻米生產基地均需要大量的有機肥源，對此，農林部門可拓寬現有沼氣協會的服務功能，配備適量的槽罐運輸車，可將沼液源源不斷運往集中連片的種植區，對所需經費，可采取政府補一點、養殖企業收一點、種植業企業收一點的方法予以解決。這樣將一方面解決了沼液無處使用難以排放的壓力，另一方面又為種植業提供了大量優質的有機肥源，一舉多得。
4.建立病死畜禽收集和集中無害化處理制度
隨著畜禽養殖量的增加，若按2％～3％的死亡率估算，全年需處理的病死畜禽數量十分可觀，如隨意丟棄，不僅會帶來大量的細菌和病毒污染。存在較大的衛生安全隱患，同時也會污染周邊環境，如今由于沒有可行的無害化處理場所和制度，處理矛盾多、難度也大，單靠鄉鎮獸醫人員工作很難及時妥善有效解決，應建立相應的病死畜禽收集和集中無害化處置制度。
5.加大農牧結合的推廣力度
按照1畝土地年消耗家畜糞便不超過豬5頭，肉雞200只，蛋雞50只的規模量。農產品效益的提升在于提高農產品的品質，要充分利用好畜禽糞便這一資源優勢，加大有機農業、綠色農業和生態農業的發展力度，打響品牌，提升農業整體效益。
