導致雞曲霉菌病發生的真菌主要是煙曲霉和黃曲霉，飼喂品質低劣或發霉的飼料，如發霉的玉米、麩皮、魚粉或混合飼料，或使用被污染發霉的墊草，是暴發本病的直接原因。飼養密度大，雞舍通風不良，舍內外溫差大，溫度和濕度又有利于霉菌的繁殖，易誘發本病。夏秋多雨潮濕，飼料及原料容易發霉變質。進入冬季，使用這些飼料和原料，很容易導致雞曲霉菌病的發生。
1.加強種蛋孵化器的消毒。孵化器內的曲霉菌在孵化過程中能穿透蛋殼而感染雞胚，使出殼不久的雛雞就能感染雞曲霉菌病，這也是4日齡幼雛最易感染雞曲霉菌病的一個主要原因。因此，要求種蛋從上孵到出殼前一定要經過多次熏蒸消毒，以切斷和控制曲霉菌的感染。消毒過的種蛋在入孵前，用福爾馬林熏蒸消毒一次；在落盤和出雛到50%左右時，再消毒一次，以徹底消除曲霉菌。方法是：根據雞舍容積大小，按30-40毫升/立方米的標準，計算出福爾馬林的總用量，然后與水按1∶1的比例混合，倒入金屬容器內，以每50-100立方米的空間用一個蜂窩煤爐，放在靠近窗口處點燃，將盛福爾馬林溶液的容器放在火爐上加熱。操作人員隔窗觀察，當液體蒸發完畢時，操作者用透明塑料薄膜袋罩嚴頭部，進入舍內將金屬容器移開，再將門口關嚴，密閉24小時以上。
2.不喂發霉變質飼料。不使用發霉的墊料和飼料是預防曲霉菌病的主要措施。在高溫、高濕的夏秋季應減少每次購回的飼料量，以1周左右用完為宜，保證飼料新鮮。在飼喂時應采用少量多次，尤其是采用濕拌粉料更應少喂勤添，并多次勻料。
3.抓好雞舍清潔衛生。每天至少要清洗1-2次飲水槽或飲水器，以防止霉菌的孳生。雞舍要封好紗窗，防止蒼蠅入內。因此，雞舍要保持清潔衛生、干燥，不潮濕。每周用能殺滅霉菌、真菌的含有二氯異氰尿酸鈉成分的消毒劑進行消毒，同時還要作好飲水消毒。如墊料發霉，應及時更換，也可用0.5%過氧乙酸雞舍消毒。
4.加強舍內通風換氣。夏季氣溫高，應加強雞舍內的通風，以排出舍內污濁的熱氣和氨、硫化氫等有害氣體，并能有效的降低舍內的溫、濕度和舍內空氣中的霉菌數量。因為空氣中的霉菌，大多是經呼吸道而感染雞群，霉菌少了，感染機會也少了。天太熱時，自然通風風量小，根據需要可打開排氣扇，以加大排風量。但肉仔雞在育雛期要保暖，溫差不宜過大，應按雛雞日齡的增加逐漸降低舍溫和加大排風換氣量，處理好保溫與通風的關系。