雞場糞便如果不通過科學的方法處理，不僅會造成雞舍內部環境污染雞舍外部也會受影響。一般雞糞處理方式如下;
1．發酵
一般情況下，雞場產生的雞糞可直接作農作物肥料使用。但通過堆積發酵后，不僅可以有效殺滅雞糞中的各種病原，而且大大增加肥力。特別是發病雞群產生的雞糞及污物應通過發酵處理。這是一個好的污物處理方法。具體方法是定期收集雞糞、墊草等，堆積在一個合理的空地上(也可堆積在一個坑里，但不能積水)，用濕泥密封覆蓋壓住，進行發酵。氣溫較高的季節應堆積發酵2個月以上，冬季3個月以上，然后，用作農作物的肥料。
2．制沼氣
一個雞場可建造沼氣池，將清洗雞舍和用具的污水收集到沼氣池中進行發酵產生沼氣，沼氣可為雞場提供能源，如果沼氣量不夠，可將雞糞直接排入到沼氣池發酵。通過沼氣發酵的沼液(渣)也是很好的肥料，也能有效殺滅病原。
3．深埋
這是無害化處理病死雞和污染物最常用的方法。選擇一個不污染水源、不影響周邊環境的地方，也可在雞場內的空地上，挖坑深埋病死雞。坑要一定深度，坑底鋪上一層生石灰，雞尸體上覆蓋的泥土層厚度至少有1．5米以上。泥土覆蓋后的地表及周圍環境應噴灑消毒藥品。裝運尸體、污染物要用能密閉的容器或用不漏水能密閉的運輸車，防止在搬運過程中污染環境。
