畜牧系統工程的實踐證明，研究解決復雜的畜牧工程問題應遵循六項基本原則，即輸出無害原則，整體最優原則，結構第一原則，組裝配套原則，起點非零原則和實踐為上原則。離開這些指導原則，往往會導致畜牧系統工程運用的失敗。

一、輸入無害原則由于系統和環境的密切關系，它們彼此相互影響和相互制約。畜牧系統類似“轉化器”，不斷地將環境輸入的物質、能量、信息，經過系統內部的轉化，在建造和完善系統本身的同時，也不斷向環境輸出物質、能量和信息。在輸出過程中要注意有害輸出.如共廢、污染等。

二、整體最優原則整體性原則是畜牧系統工程的核心。在考察和評價畜牧系統功能時，要把整體性原則放在首位，局部最優不等于整體最優。有時為了整體最優，寧可放棄局部最優。強調整體最優，并不意味著可以忽視局部最優，而是強調在整體最優的控制下，逐步協調實現局部優化的間題。

三、結構第一原則結構決定功能，是系統工程基本原理之一。所謂結構是指系統內部各子系統之間，各元素之間在空問或時間上的組織形式以及它們相互之間的關系。而系統功能則體現一了系統與外部環境之間在物質、能量，信息的輸入與輸出的方面的交換關系。結構與功能的關系是對立統一的，它們既相互依存，又具有相互獨立性。在畜牧系統工程中，研究評價和解決任何系統問題時，第一位應該考慮系統的結構問題。也就是說，首先從結構問題入手，來解決畜牧系統問題。

四、組裝配套原則組裝配套原則是指在畜牧系統工程的開發活動中，要充分利用國內外一切現成的單項先進科技成果，在滿足目標要求和結合客觀實際的前提下，從中選優，合理組裝、配套。

五、起點非零原則所謂起點非零原則是指：一切現實畜牧系統都不是從零開始的。在設計、評價畜牧系統時一是要注意畜牧系統的歷史發展過程；二是在設計和改造畜牧系統時，不能進行理想化的假設和完全照搬外地成功模式。因為任何一個農業系統包括畜牧系統在內，都是幾千年來在自然環境、社會環境、經濟環境、政治環境、文化環境的作用下演變和發展形成的客觀系統。這就要求人們必須面對客觀現實，因地制宜，揚長避短，有的放矢地處理畜牧系統問題。

六、實踐為主原則畜牧系統實踐為主的原則包含兩個方面的內容，一為問題導向原則，根據問題確定研究方法，而不是用固定的方法去套問題，二為不可代替原則，即不能用系統模型的優化解代替實施結果。就是要從實際出發，用實踐結果來檢驗畜牧系統的活動。在實踐中，遇到問題時，先不要急于尋找解決問題的方法，而是力求全面正確地認識問題，然后再充分利用自己的知識和經驗看是否有現成的方法，如果沒有，則要想辦法創造適合面臨問題的新方法去解決問題。這就是問題導向原則。另一方面，有時存在一種急于求成的現象，在處理復雜的農業系統問題時，常常以建立的優化模型和計算的優化結果為依據，發表論文，鑒定成果，好像問題就此解決了，但常常會出現優化模型和計算機模擬結果與系統的實施運行結果差距很大，二者是不可完全代替的，這就是不可代替原則。