一、在目前國內的養殖條件下，消毒防疫與疫苗、化藥具有同等重要的地位。
　　二、忽視疫苗、化藥與消毒防疫之間的內在平衡，過分強調疫苗和化藥的使用，可能會出現不良后果。
　　1.過分強調疫苗作用的后果
　　①疫苗應激反應
　　疫苗應激反應是指在疫苗接種過程中，機體在產生免疫應答的同時，機體本身也受到一定程度的損傷。此外，疫苗的使用方法不當等也可給機體造成較為嚴重的應激反應。
　　②疫苗的散毒
　　我國是畜牧業大國，畜禽飼養密度大，許多畜禽養殖場的條件很難達到保證生物安全的嚴格要求。因此，使用疫苗進行免疫接種，已成為防疫的最主要手段。疫苗若使用不當就會對畜禽生產和人類的生命安全造成嚴重的危害，成為比“常規武器”還難以防范的“生物武器”。
　　③免疫間隙時期多種病原(如免疫抑制病毒)對機體免疫系統的損傷。
　禽類免疫抑制疾病是當前困擾養禽業的一類重要傳染病，由于免疫抑制狀態的存在，極易并發和繼發其他傳染病和寄生蟲病，例如非典型新城疫、大腸桿菌病、支原體病、球蟲病等。
　2.過分強調化藥作用的后果
　　①病原耐藥性產生
　　在飼料中添加抗菌劑，實際上等于給畜禽持續低劑量口服用藥，動物機體胃腸道長期與藥物接觸，造成腸道耐藥菌不斷增多，耐藥性也不斷增強。
　　有些細菌是人畜共患病病原菌，一旦在動物機體產生了耐藥性，此類細菌再感染人時，抗生素治療效果會大大降低，甚至失敗。
　　②化藥的殘留
　　出于食品安全的考慮，每個國家對藥殘檢測標準日益標準化、嚴格化，這已經成為一種國際發展趨勢。例如，日本“肯定列表制度”正是在這一背景下出臺的。
　　③停藥后發病引起死亡率上升
　微生物的繁殖速度是很快的，停藥后，最多只需要3－5天，它們的數量即可恢復到原來的水平。這時它們對化藥的耐受能力比以前有了極大提高，原來有效的一些藥物效果易減弱或喪失。試驗表明：化藥使用劑量越大，抗藥性的提高就越明顯。
　　三、消毒防疫在增強疫苗和化藥的使用效果并減少其負效應方面具有重要作用。
　　①減輕疫苗應激反應
　　雞舍衛生條件和空舍時間的長短與疫苗的應激反應之間存在重要聯系：雞舍消毒不徹底，空舍時間達不到標準要求，病原微生物會大量孳生，可在機體的消化道、呼吸道、生殖道上生長繁殖，潛伏感染。一旦受到應激，特別是免疫活苗后，雞群就易發生嚴重的疫苗反應，引發呼吸道炎癥、拉稀、產蛋下降、死淘增加等疾病。加強消毒防疫工作不但不會對疫苗免疫產生負面影響，反而可以有效消除疫苗的應激反應，減少免疫后出現的呼吸道癥狀和死淘增加等問題。
　　②有效防止疫苗的散毒
　　通過選用適宜的消毒劑，進行正確的消毒防疫工作，可以有效阻止免疫結束后疫苗毒或野外強毒對未免疫雞只的侵害。
　　③輔助疫苗產生良好免疫
疫苗接種前后使用消毒劑，可有效避免免疫間隙帶來的損失。疫苗免疫后并不能馬上發揮保護作用，需要機體對外來抗原作出免疫應答并產生抗體后才可以發揮作用。合理使用消毒劑可以在免疫空白時期有效保護雞群的健康，減少多種病原對機體免疫系統的損傷，提高免疫效果。
　　④有效降低病原的耐藥性
　　通過合理有效地使用消毒劑，可以降低化藥的使用頻率及使用量，從而減少雞只病原對化藥產生耐藥性的可能，提高化藥的使用效果，降低使用成本。
　　⑤降低停藥后發病引起的死亡率上升 肉雞在飼養到35日齡停藥后，原先沒有表現出的疾病癥狀逐漸顯露，給雞群造成損失。消毒劑的正確使用可以有效降低雞舍環境內的病原菌數量，有效保護雞群健康，減少相關疾病引起的經濟損失。
　　⑥減少化藥殘留對食品安全的威脅
　　合理有效地使用消毒劑，可以有效降低動物源性食品中藥殘的含量，提高食品的安全性，降低出口食品藥殘超標的風險、產品檢測方面的費用支出及縮短通關時間，從而有效降低出口成本，增強產品國際市場競爭力。
　　四、正確地做好生物安全工作。
　　1.防重于治。只有認真做好生物安全，才能做到“少得病甚至不得病”，降低養殖成本并將損失降至最低。
　　2.正確認識疫苗、化藥與消毒防疫之間的相互協同作用。
　　3.改變過去只關心表面成本，不計算使用成本的觀念。
　　4.工作重心由過去的使用化藥治療生病動物，轉變到使用疫苗和消毒來保護健康動物。
　　5.由過去“用化藥來控制疾病”的不正確觀念，逐漸變為“用消毒、免疫來控制疾病，用化藥來治療疾病”。