豬小袋纖毛蟲病的病原為結腸小袋纖毛蟲，主要寄生于豬的結腸，其次為直腸和育腸。蟲體生活史分滋養體及包囊兩個階段。滋養體呈橢圓形，一般長50~200微米，寬30~100微米。蟲體表面有許多纖毛，排列成略帶斜形的縱行；纖毛作規津性運動，使蟲體以較快速度旋轉向前運動。蟲體內有大、小核各一。大核大多位于蟲體中央，呈腎形；小核甚小，呈球形，位于大核的凹陷處。蟲體內還有伸縮泡和食物泡。包囊呈圓形或橢圓形，直徑40~60微米，囊壁厚而透明，淡黃色或淺綠色，在新形成的包囊內，可清晰見到滋養體在囊內活動，但不久即變成一團顆粒狀的細胞質(圖4-8)。

當豬吞食了被包囊污染的飲水或飼料后，囊壁在腸內被消化，包囊內蟲體脫囊而出，轉變為滋養體，進入大腸，以淀粉，腸壁細胞、紅細胞、白細胞、細菌等腸內容物為食料。一般清況下。結腸小袋纖毛蟲為共生者，僅在宿主消化功能紊亂或腸粘膜有損傷時，蟲體才乘機侵入腸組織，引起潰瘍。蟲體以橫二分裂法進行繁殖；部分滋養體變圓，其分泌物形成堅韌的囊壁包圍蟲體，成為包囊，隨宿主糞便排出體外。包囊抵抗力較強，常溫(18~20℃)能存活20天，－6~－28℃能存活100天。