養殖池塘中的水色主要由水體中的單胞藻及浮游動物的品種及數量決定的。養殖池塘理想的水色為嫩綠色、茶褐色和黃綠色。危險水色有醬油色、死黑色、乳白色、黃泥色及水面上有較多的漂浮灰土色絲狀物質或難以消散的泡沫等。

1、黃泥色主要由于大量顆粒懸浮，造成透明度降低，藻類難以繁殖所致。潑石灰，或含有綠化鋁藥物，次日潑灑肥水素即可。

2、水面出現泡沫和灰土色絲狀物質，是水體過肥之故，使用芽孢桿菌即可。

3、養殖中后期水體易產生藍藻，趁被集中吹至下風角落時刻，對藍藻面潑灑硫酸銅或者紅霉素，此法不能一次性除盡，宜多次重復才能減少藍藻。另外，還可以通過換去上層水的辦法降低藍藻數量。

4、其它不良藻相的水質，宜使用二氧化氯等較強的消毒藥物處理，一周后使用單胞藻種培育優良藻相，以穩定水色。

水質如發生變化后，經首次處理后，隔次處理不宜操之過急，宜待養殖品種休整后進行。