1.環境的消毒。首先要進行徹底的清掃和清洗。對洪水淹過的豬舍要清除淤積的泥土、砂石、糞便、垃圾及各種污物。按照一定順序進行清掃和清洗，先從棚頂、后墻壁、再地面，從豬舍的遠端到門口，先室內后室外逐步進行，不留死角。經認真徹底清掃和清洗，不但可以清除大部分病原體，而且可以大大減少糞便、垃圾等有機物的數量，有利于化學消毒劑發揮作用。徹底清掃清洗后即可進行化學消毒。一般要求使用2～3種不同作用類型的消毒藥，進行2～3次消毒。環境消毒后，噴灑微生態環境改良劑，使大量益生菌覆蓋在畜舍內外表面，抑制有害微生物滋生，改善環境。

2.豬體的消毒。豬體進行噴霧消毒，比較全面徹底，既能直接殺滅隱藏于豬舍內環境，包括空氣中的病原微生物，又能直接殺滅豬體表、呼吸道淺表滯留的病原體。對豬瘟、口蹄疫等有良好的預防作用；對細菌性疾病，如豬葡萄球菌、附紅細胞體、大腸桿菌等有很好的防治作用。噴灑消毒后，在畜舍內再次噴灑微生態環境改良劑，不僅改善微生態環境，還能沉降粉塵、防暑降溫、提供濕度、凈化空氣、改善豬舍環境的空氣質量。

3.養豬場各種用具的消毒。養豬場各種用具、用品很多，這些用具及用品的材質、用途各不相同，因此采用消毒方法也不一致。工具類可用高錳酸鉀熏蒸，飼槽、水槽、水桶及盆等，要先用2%火堿刷洗，然后再用清水沖洗使用；車輛（包括汽車、四輪車、手推車等）要進行噴灑，工作服要清洗后消毒或可用紫外線燈照射均可。洪水過后要認真做好消毒工作。

4.對病死、溺死的豬無害化處理。水災過后，不少豬被洪水沖散，而引起發病，發生大批死亡。死亡豬體內帶有大量的致病微生物。如不及時進行無害化處理，任其腐爛、霉變，發出惡臭的氣味，病菌會隨水流淌，并隨空氣到處擴散，傳播疾病，不僅污染環境，還容易引起人、畜疫病大流行。對死亡豬的尸體，最簡單的處理方法是深埋。深埋應選擇高崗地帶，坑深在2米以上，尸體入坑后，撒上石灰或消毒藥，覆蓋一層厚土。如果有條件的可以焚燒。在洪水中死亡豬的尸體，一律禁止食用或出售。