農村沼氣發酵原料主要有禽畜糞便、人糞尿、作物秸稈、落葉雜草、有機垃圾、有機廢渣、廢水和農副產品加工的下腳料等農業有機廢棄物。

一、富氮原料：主要是人、畜糞便以及易腐生活垃圾，它們的氮元素含量較高。糞便的顆粒較細，作為正常沼氣池的原料，不必進行預處理，代謝分解和產氣速率較快。在沼氣池啟動時，可以直接使用羊糞、馬糞和牛糞等原料；根據接種物來源、質量和接種量等實際情況，可使用單一的豬糞，最好添加牛糞或馬糞、羊糞；不建議大量使用人糞，除非沼氣池的主要發酵原料為人糞便，此時一定要提早用人糞便培養好接種物；一定不能使用雞糞，否則極易造成沼氣發酵體系酸化，并且常常不能自動恢復，也很難進行調整。

二、富碳原料：稻草、麥草、玉米秸等農作物秸稈和雜草，它們含碳量高。代謝利用和產氣速率較慢。以這類物質為原料時，需要進行預處理，以提高原料的利用率和產氣速率。

三、其他原料：水生植物中的水葫蘆、水花生、水白菜、水草和藻類等，繁殖速度快、產量高、碳氮比合適，加之組織鮮嫩，容易被沼氣發酵細菌利用，也是比較理想的原料。

四、忌入池雜料

1、菜籽餅、棉籽餅、磷酸鈣、磷礦粉、鈣鎂磷肥等含磷有機原料，在絕對厭氧的條件下，會產生磷化氫等劇毒氣體，易使人中毒甚至死亡。

2、桃葉、馬錢子、皮皂子、百部、元江金光菊、元江黃芩、大蒜等，對沼氣發酵有較強的抑制作用，不宜作為發酵原料進入沼氣池。

3、噴灑了農藥的作物莖葉、剛消過毒的禽畜糞便、各種劇毒農藥及各類消毒制劑、電石、洗衣粉、洗衣服水等均不宜入池。