雞群一旦發生法氏囊病，就會因抵抗力下降而成為低產雞群，因此，重要的工作還是在防止感染上做文章。采取嚴格的衛生消毒措施，實行全進全出的飼養制度，減少或避免應激反應。由于該病對環境的抵抗力很強，一旦環境被污染，病毒將長期存在。因此，要對環境、雞籠、用具、地面徹底消毒，尤其是用被法氏囊病毒污染過的場所重復育雛時，進雛雞之前要消毒。

加強種雞群的免疫，以提高母源抗體水平，防止雛雞早期感染。免疫程序的制定應根據當地該病的流行特點、飼養條件、雞群狀況和雞只母源抗體水平進行考慮，尤其是確定首免日齡。

通過瓊脂雙向擴散試驗，以O.5%的比例采樣，收集血清，用標準法氏囊病毒抗原測母源抗體來確定首免日齡。1日齡抗體陽性率如低于80%，可在10～15日齡首免；抗體陽性率如高于80%，在7～10日齡再采血測1次，此時陽性率如低于50%，可于15～21日齡首免，若抗體陽性率高于50%，可于20～24日齡首免。實踐中，有的雞首免后2～5天，尚未進行二免就感染發病，也有的在二免后2～5天感染發病，造成這些現象的原因是復雜的，必須根據具體情況確定發病的原因。

如果雛雞來源復雜或對種雞免疫情況不了解，這些雛雞母源抗體一般偏低或不整齊，加上雛雞免疫采用飲水方法，很易造成雛雞群內抗體水平不一，抗感染能力不強，此時可適當提前免疫，最好配用滅活疫苗。可在1日齡時肌肉注射滅活苗O.1mL/只，注射過程中可選用弱毒苗或中等毒力苗，一般情況下，對有母源抗體的雛雞可用中等毒力苗，對沒有母源抗體的或母源抗體水平偏低的雞群可使用弱毒苗，二免時用中等毒力苗。在嚴重污染區、該病多發區的雛雞可直接使用中等毒力苗。