青貯飼料中的微生物，除土壤污染和添加水分外，還有附著在植物原料上的幾大類如乳酸菌、腸道桿菌、丁酸菌、酵母菌、霉菌及其他微生物。

但僅有乳酸菌是有益的，乳酸菌是制作優良青貯飼料的主要微生物，能分解青貯飼料中的碳水化合物并形成乳酸引起乳酸發酵，因乳酸菌的活動青貯飼料得以保存。腸道桿菌在青貯飼料中是兼性厭養菌，以大腸桿菌和產氣桿菌為主，進行異型乳酸發酵，雖然也產生一些乳酸，但是同時產生大量的氫氣和二氧化碳，使相當一部分有營養價值的碳水化合物變成無價值。

青貯的原理就是青貯飼料經過壓實密封，內部缺乏氧氣。乳酸菌發酵分解糖類后，產生的二氧化碳進一步排除空氣，分泌的乳酸使得飼料呈弱酸性，pH值在3.5-4.2之間能有效地抑制其他微生物生長。最后，乳酸菌也被自身產生的乳酸抑制，發酵過程停止，飼料進入穩定儲藏。但此時原料中的糖分等營養成分損失不大。