禽流感與新城疫在臨床上不容易區分，常常治好了病也不知道到底發生的是哪一種疫病。而由于禽流感與新城疫的治療方法完全不一樣，一旦誤診會帶來嚴重問題，延誤治療，帶來損失。
一、臨床癥狀：臨床上，出現輕微或嚴重呼吸困難也就是雞呼嚕咳嗽，有呼吸道癥狀，不出現腫頭腫臉的雞只 ，多是H7禽流感。
1.糞便：溫和型禽流感：初期：拉稀；中期：拉黃、綠或黃綠融合的稀便；后期：部分或少量拉橘黃色稀便。
新城疫：絕對不出現橘黃色糞便。
2.神經癥狀：新城疫個別雞只會有扭頭，神經癥狀較常見 ，禽流感不多見，但是有的在后期出現神經癥狀。
3.呼吸道癥狀:新城疫以呼嚕為主，禽流感出現輕微或嚴重呼吸困難 ，一般出現“咳咳”，但是較難以區分。
4.嗉囊積液：新城疫倒提，可從口中流出酸臭嗉囊積液，禽流感沒有。
二、剖檢：
1.胸腺：肉雞和蛋雞開產前看胸腺變化，蛋雞胸腺在60-80日齡最大，以后逐漸退化萎縮。
溫和型禽流感：先出現出血和腫脹的是在下面幾對胸腺。病情嚴重程度和出血變化和位置有關，初期是后幾對（下）胸腺先有出血點和腫大，越往下出血、腫脹說明發病時間越早越嚴重；
新城疫：變化在1-4對胸腺，出現出血、腫大的胸腺越靠前幾對（上），說明發病時間越早越嚴重。
2.盲腸扁桃體：
新城疫：絕對要出現嚴重的出血、腫脹變化。但出現盲腸扁桃體腫脹出血的不一定是新城疫，不出現盲腸扁桃體腫脹出血的絕對不是新城疫，這一點高度重視；
禽流感：有部分引起盲腸扁桃體的腫脹出血，有很大部分不引起嚴重出血。要多解剖，看到底有沒有盲腸扁桃體不出血，或輕微出出血的或輕微腫大不出血的，如有這些變化就是溫和型禽流感。不論蛋雞還是肉雞、種雞都適用。
3.腸道淋巴集結：
1>12指腸降攀（下段），正常的此處淋巴集結呈條狀不規則的島嶼狀（2-3厘米）是白色隱性不出現明顯的島嶼。新城疫和禽流感發病后島嶼明顯出現，上面有1個以上明顯的出血點。禽流感出血：彌漫性的；新城疫:不呈彌漫性。
2>卵黃蒂后2-6厘米的淋巴弧結，主要是半個黃豆大小：新城疫有變化，禽流感一般沒有變化。典型或非典型新城疫只出現隆起有1個或多個出血或整個出血。強毒新城疫出現潰瘍，并覆蓋粘液性綠色物質。嚴重的禽流感也處出現白色輪廓。
4.回腸淋巴結核和盲腸細段淋巴結：
1>新城疫兩條盲腸之間的回盲淋巴結是棗核狀隆起或出血；禽流感不明顯。
2>新城疫盲腸細段淋巴結呈1個或半個小米粒狀突起并出血；禽流感沒有變化。
5.直腸粘膜:新城疫：呈條狀出血；腎傳支呈點狀密密麻麻的出血點。
6.腹膜炎:溫和禽流感：呈現纖維性性腹膜炎，呈黃色。蛋雞前期也是纖維素性腹膜炎，后期才是出現卵黃性腹膜炎；
新城疫：基本不出現腹膜炎，后期有可能出現輕微的卵黃性腹膜炎。要多解剖幾只就找到共同規律。
7.腺胃乳頭：新城疫：出血在乳頭部；禽流感：出血在乳頭的基部，也有整個乳頭出血的，有的整合腺胃粘膜發紅出血。
8.腎臟變化：禽流感：引起腎臟腫脹發紅，有輕微的尿酸鹽沉積在輸尿管；新城疫：沒有這個變化。
9.腸道內出血：流感引起的規則圓點狀，1個或多個米粒大小的出血極像球蟲。但是禽流感的用剪刀刮沒有明顯滲血感覺；新城疫：沒有這種變化。
三、與其他疫病的區別
1.H9溫和禽流感和鼻炎的區別：
H9溫和禽流感：引起的腫頭、腫臉外觀硬腫，呈蒼白色，一般肉垂不引起腫大或不單獨引起腫大（看似腫大多因為肉垂基部硬脹后出現的撅翹）；
鼻炎：引起的腫頭、腫臉淡紅色浮腫，手壓有波動感或柔軟感，并同時出現肉垂腫脹。
2.H9禽流感與腫頭、腫臉大腸桿菌的區別：二者的腫脹的性狀在臨床上是一模一樣。
腫頭腫臉大腸桿菌：1>不引起呼吸道癥狀；2>腫脹比例小在0.1-0.2%之間；3>不流鼻涕；4>大群中沒有癥狀的雞仍大吃大喝，產蛋率、蛋殼顏色正常；5>患病雞拉白色稀便，且只要不注射相應抗大腸桿菌的藥物，出現一個死一個；6>用敏感的抗菌藥很快控制患病雞出現。
3.H9禽流感與H7禽流感的區別：共同點：H9有H7的幾乎所有解剖癥狀，臨床H7沒有腫頭、腫臉，而H9多見。
區別：H9有嚴重的腹膜炎、肝周炎、心包炎——“三炎”且不臭。H7沒有或不嚴重。
4. H9禽流感與普通大腸桿菌的區別：1>共同點都有“三炎”，但是H9不臭，大腸桿菌惡臭；2> H9有1只或多只腫頭腫臉還有呼吸道癥狀，大腸桿菌沒有；3>糞便顏色： H9有橘黃色糞便，大腸桿菌糞便是白色稀便；4> H9腎臟發紅和有輕微的尿酸鹽。
一、臨床癥狀：臨床上，出現輕微或嚴重呼吸困難也就是雞呼嚕咳嗽，有呼吸道癥狀，不出現腫頭腫臉的雞只 ，多是H7禽流感。
1.糞便：溫和型禽流感：初期：拉稀；中期：拉黃、綠或黃綠融合的稀便；后期：部分或少量拉橘黃色稀便。
新城疫：絕對不出現橘黃色糞便。
2.神經癥狀：新城疫個別雞只會有扭頭，神經癥狀較常見 ，禽流感不多見，但是有的在后期出現神經癥狀。
3.呼吸道癥狀:新城疫以呼嚕為主，禽流感出現輕微或嚴重呼吸困難 ，一般出現“咳咳”，但是較難以區分。
4.嗉囊積液：新城疫倒提，可從口中流出酸臭嗉囊積液，禽流感沒有。
二、剖檢：
1.胸腺：肉雞和蛋雞開產前看胸腺變化，蛋雞胸腺在60-80日齡最大，以后逐漸退化萎縮。
溫和型禽流感：先出現出血和腫脹的是在下面幾對胸腺。病情嚴重程度和出血變化和位置有關，初期是后幾對（下）胸腺先有出血點和腫大，越往下出血、腫脹說明發病時間越早越嚴重；
新城疫：變化在1-4對胸腺，出現出血、腫大的胸腺越靠前幾對（上），說明發病時間越早越嚴重。
2.盲腸扁桃體：
新城疫：絕對要出現嚴重的出血、腫脹變化。但出現盲腸扁桃體腫脹出血的不一定是新城疫，不出現盲腸扁桃體腫脹出血的絕對不是新城疫，這一點高度重視；
禽流感：有部分引起盲腸扁桃體的腫脹出血，有很大部分不引起嚴重出血。要多解剖，看到底有沒有盲腸扁桃體不出血，或輕微出出血的或輕微腫大不出血的，如有這些變化就是溫和型禽流感。不論蛋雞還是肉雞、種雞都適用。
3.腸道淋巴集結：
1>12指腸降攀（下段），正常的此處淋巴集結呈條狀不規則的島嶼狀（2-3厘米）是白色隱性不出現明顯的島嶼。新城疫和禽流感發病后島嶼明顯出現，上面有1個以上明顯的出血點。禽流感出血：彌漫性的；新城疫:不呈彌漫性。
2>卵黃蒂后2-6厘米的淋巴弧結，主要是半個黃豆大小：新城疫有變化，禽流感一般沒有變化。典型或非典型新城疫只出現隆起有1個或多個出血或整個出血。強毒新城疫出現潰瘍，并覆蓋粘液性綠色物質。嚴重的禽流感也處出現白色輪廓。
4.回腸淋巴結核和盲腸細段淋巴結：
1>新城疫兩條盲腸之間的回盲淋巴結是棗核狀隆起或出血；禽流感不明顯。
2>新城疫盲腸細段淋巴結呈1個或半個小米粒狀突起并出血；禽流感沒有變化。
5.直腸粘膜:新城疫：呈條狀出血；腎傳支呈點狀密密麻麻的出血點。
6.腹膜炎:溫和禽流感：呈現纖維性性腹膜炎，呈黃色。蛋雞前期也是纖維素性腹膜炎，后期才是出現卵黃性腹膜炎；
新城疫：基本不出現腹膜炎，后期有可能出現輕微的卵黃性腹膜炎。要多解剖幾只就找到共同規律。
7.腺胃乳頭：新城疫：出血在乳頭部；禽流感：出血在乳頭的基部，也有整個乳頭出血的，有的整合腺胃粘膜發紅出血。
8.腎臟變化：禽流感：引起腎臟腫脹發紅，有輕微的尿酸鹽沉積在輸尿管；新城疫：沒有這個變化。
9.腸道內出血：流感引起的規則圓點狀，1個或多個米粒大小的出血極像球蟲。但是禽流感的用剪刀刮沒有明顯滲血感覺；新城疫：沒有這種變化。
三、與其他疫病的區別
1.H9溫和禽流感和鼻炎的區別：
H9溫和禽流感：引起的腫頭、腫臉外觀硬腫，呈蒼白色，一般肉垂不引起腫大或不單獨引起腫大（看似腫大多因為肉垂基部硬脹后出現的撅翹）；
鼻炎：引起的腫頭、腫臉淡紅色浮腫，手壓有波動感或柔軟感，并同時出現肉垂腫脹。
2.H9禽流感與腫頭、腫臉大腸桿菌的區別：二者的腫脹的性狀在臨床上是一模一樣。
腫頭腫臉大腸桿菌：1>不引起呼吸道癥狀；2>腫脹比例小在0.1-0.2%之間；3>不流鼻涕；4>大群中沒有癥狀的雞仍大吃大喝，產蛋率、蛋殼顏色正常；5>患病雞拉白色稀便，且只要不注射相應抗大腸桿菌的藥物，出現一個死一個；6>用敏感的抗菌藥很快控制患病雞出現。
3.H9禽流感與H7禽流感的區別：共同點：H9有H7的幾乎所有解剖癥狀，臨床H7沒有腫頭、腫臉，而H9多見。
區別：H9有嚴重的腹膜炎、肝周炎、心包炎——“三炎”且不臭。H7沒有或不嚴重。
4. H9禽流感與普通大腸桿菌的區別：1>共同點都有“三炎”，但是H9不臭，大腸桿菌惡臭；2> H9有1只或多只腫頭腫臉還有呼吸道癥狀，大腸桿菌沒有；3>糞便顏色： H9有橘黃色糞便，大腸桿菌糞便是白色稀便；4> H9腎臟發紅和有輕微的尿酸鹽。
