通風換氣的好壞直接影響孵化效果。我們都知道孵化過程其實也是雛雞胚胎代謝的過程。這個過程中，是有生命存在的，有生命存在就需要氧氣，胚胎發育同樣需要充足的氧氣，在吸收氧氣的同時也要排出大量的二氧化碳。若通風換氣不良，二氧化碳過多，將導致引起胚胎畸形及胎位不正等異常現象，嚴重者會導致胚胎死亡，降低孵化率和雛雞質量。

有人做過試驗，1個雞蛋孵化成雛雞，胚胎共需要氧氣4000～4500立方厘米，排出二氧化碳為3000～5000立方厘米。可見，孵化期間不僅要通風換氣，還要注意通風換氣的數量和質量。通風量大小根據胚胎發育階段而定。孵化初期，胚胎需要的氧氣不多，利用卵黃中的氧氣就能滿足，通風量可以少些，此時機器通氣孔少打開點即可。孵化第一個星期，每天換氣2次，每次3小時，基本可以保證需求。孵化中后期，胚胎逐漸長大，代謝旺盛，需要氧氣和排出的二氧化碳增多，通風量應加大。從第二個星期開始，應打開進出氣孔進行不停地通風換氣，尤其當機內有破殼出雛的情況下，更應持續換氣，否則，易使小雞悶死。孵化室內也要注意通風。