目前我國多數病死雞只的處理方式仍未達到無害化處理的效果，既沒有無害化處理的設備也缺乏意識上的認知，所以在廠區內或周圍病死雞尸體隨意被拋棄，養殖戶甚至會直接丟棄給狗或貓當食物，還有一些進行淺埋達不到理想的消毒效果，隨著空氣的流動，在塵埃的攜帶下病原被輸送到環境中的各個角落，并長期居住下來，尋找適宜的機會侵入機體威脅雞只的健康。
接種凍干疫苗是福也是禍
接種疫苗目的本是為了提高機體對某種疾病的抗病力，是控制傳染病發病的重要手段之一，然而在疫苗使用過程中存在隨意加大劑量及接種方法不正確、廢棄物處理措施不合理等因素，導致疫苗轉變成了環境污染的根源。在規模化養殖場中接種疫苗大多選擇防疫隊進行疫苗接種工作，由于防疫隊成員缺乏專業知識，所以在實際操作中只是一味追求速度而忽略了質量，成為傳播疾病的重要途徑之一。疫苗廢棄物的處理方法不當是很普遍的現象，甚至有些規模化養殖場的技術場長對此也認識不足。記得2011年2月份安徽省某規模養殖場，存欄20萬只青腳麻雞，在接種疫苗時我建議將廢棄的疫苗進行焚燒，但廠長說焚燒還不如把瓶子賣掉效果好呢，飼養員最終還是將疫苗瓶進行了土埋處理。當時我是親自看到只有淺淺的一層土將其覆蓋，估計連50公分的土層都沒有。況且當地的土質都是紅土地，不要說是在2月份土質還在封凍狀況下，即使在夏季土質松動時也不易挖出一米深的土坑來進行掩埋，所以廢棄的疫苗容器也就成了傳播疾病的重要傳染源之一。
有害氣體長期陪伴雞群
部分雞舍內有害氣體超標，長期生活于惡劣的環境中使飼養者的嗅覺處于麻痹狀態，聞不到腥臭的糞便味、感受不到強烈的氨氣在刺激著自己的眼結膜。在雞群10日齡以內由于排泄量少對雞群的威脅作用并不大，一旦超過10日齡，隨著排泄物的增多以及腸道疾病的感染有害氣的濃度也開始逐漸加大。
通風效果不良同樣也是養雞業中存在的通病，人們一味地追求利益，而忽略了密度所帶來的危害，所以在通風不良、密度過大、管理意識淡薄等雙重因素的影響下，使雞群長期生長在有害氣體超標的環境中，脆弱的雞群不得不面臨疾病的威脅。
不明原因的混合感染越來越多
近兩年來肉雞腺胃炎、氣囊炎等多病因疾病的發病率越來越高，發病日齡也越來越年輕化，比如說3日齡感染腺胃炎，10日齡感染氣囊炎等，已成為肉雞發病的主流，也是造成經濟損失最為嚴重的疾病之一。雖然已經采取了一定的治療措施，但是至今這些疾病的病原仍不明確，也沒有相應的疫苗來更好的預防此類疾病，飼養者不得不依靠抗生素來進行預防，再一次形或了疾病惡性循環。
