在什么時間接種何種疫苗，是養豬場最為關注的問題，目前還沒有一個免疫程序可通用，而生搬硬套別人的免疫程序也不一定行得通，最好的做法是根據本場的疫病實際發生情況，考慮豬場所在地區的疫病流行特點，結合豬群的種類、年齡、飼養管理、母源抗體的干擾以及疫苗的性質、類型和免疫途徑等各方面因素和免疫監測結果，制定適合本場的免疫程序，并著重考慮下列因素：
1、母源抗體干擾
母源抗體的被動免疫對新生仔豬來說十分重要，然而對疫苗的接種也帶來一定的影響。免疫程序的關鍵是排除母源抗體干擾，確定合適的首免日齡。最好選定在仔豬持有的母源抗體不會影響疫苗的免疫效果而又能防御病毒感染的期間，即母源抗體為1：8-64時。如在母源抗體效價尚高時接種疫苗，即會被母源抗體中和掉部分弱毒，阻礙疫苗弱毒的復制，仔豬就不能產生堅強的主動免疫力。
在母源抗體水平高時不宜接種弱毒疫苗。例如，仔豬的豬瘟免疫程序，根據豬瘟母源抗體下降規律，一般采取20-25日齡首免，而有豬瘟病毒感染或受豬瘟病毒威脅的豬場應實行乳前免疫，即在仔豬剛出生就接種豬瘟疫苗，待1小時后才讓其吮初乳，在55-60日齡再加強免疫一次。
2、豬場發病史
在制定免疫程序時必須考慮豬場所在地區豬病疫情流行情況和該豬場已發生過什么病、發病日齡、發病頻率及發病批次，依此確定疫苗的種類和免疫時機。對于本地區、本場尚未證實發生的新流行疾病，必須證明確實已受到嚴重威脅時才進行免疫接種。
3、免疫途徑
接種疫苗的途徑有注射、飲水、滴鼻等，應根據疫苗的類型、疫病特點及免疫程序來選擇每次免疫的接種途徑。例如：滅活苗、類毒素和亞單位苗不能經消化道接種，一般用于肌肉注射;有的豬氣喘病弱毒凍干苗采用胸腔接種;偽狂犬病基因缺失苗對仔豬采用滴鼻效果更好，它既可建立免疫屏障又可避免母源抗體的干擾。合理的免疫途徑可以刺激機體快速產生免疫應答，而不合適的免疫途徑可能導致免疫失敗和造成不良反應，同種疫苗采用不同的免疫途徑所獲得的免疫效果是不一樣的。
4、季節性預防疫病
有些疾病的流行具有一定的季節性，如夏季預防乙型腦炎，秋冬季預防傳染性胃腸炎和流行性腹瀉。
5、不同疫苗之間的干擾與接種時間的科學安排
將兩種或兩種以上無交叉反應的疫苗同時免疫接種時，機體對其中一種疫苗的免疫應答降低，因此，為保證免疫效果，對當地比較流行的傳染病最好單獨接種，同時在產生免疫力之前不要接種對該疫苗有拮抗作用的疫苗，特別要提出的是，在免疫接種后，如果豬場短期內感染了病毒，由于抗原(疫苗)競爭，機體對感染病毒不產生免疫應答，這時的發病情況有可能比不接種疫苗時還要嚴重。例如，在接種豬偽狂犬病弱毒疫苗時，必須與豬瘟兔化弱毒疫苗的免疫注射間隔一周以上，以避免偽狂犬病弱毒疫苗對豬瘟的免疫干擾作用。又如豬繁殖與呼吸障礙綜合征活疫苗影響豬瘟活疫苗的免疫應答。
