種雞場應重點從以下幾方面入手防控沙門氏菌病的發生：

一、控制垂直傳播

首先防止蛋在產后發生污染，即保持產出的種蛋清潔、定時干凈收集種蛋、立即進行消毒。然后種蛋應儲存在較低的溫度下，用甲醛熏蒸孵化器以降低沙門氏菌污染。

其次祖代雞群不應進行免疫，而是依靠良好的生物安全和經常性的篩選來盡早發現沙門氏菌疫情。唯一能消除垂直傳播的方法是培育陰性種群，其它措施均最大限度的減少沙門氏菌的感染而不能徹底消除感染。

二、控制水平傳播

保證從無污染的種禽場引種。定期清洗消毒飲水系統，確保飲水中的細菌含量不超標。清除老鼠、害蟲和野鳥等傳染源，同時進場物品應徹底消毒，并定期對飼料、原料和環境樣本進行檢測。

三、免疫或用藥控制

現用的疫苗只是腸炎沙門氏菌，而無雞白痢和傷寒沙門氏菌。

在1-10日齡免疫第一次，然后在育成期和開產前再分別免疫，這樣可以降低患病機率，但無法達到凈化沙門氏菌的目的。如果雞群沙門氏菌嚴重只能使用藥物定期預防，以磺胺類和氟苯尼考首選。所以防控沙門氏菌主要依靠生物安全措施。有的公司免疫，有的不免疫。

四、 凈化沙門氏菌

根除沙門氏菌的方法是在開產前對雞群進行血清平板凝集實驗，逐只普查。蛋雞一般均靠普檢，因為蛋雞生產周期長，影響大。