許多豬場發生腹瀉之后，往往難以區分是病毒性腹瀉，還是細菌性腹瀉，然而無法正確落實用藥的治療方案，造成損失慘重。特別是仔豬病毒性腹瀉是無法用一般的藥物來治療的，病毒性相對細菌性腹瀉，來得快，而且傳播也廣。因此發生腹瀉之后我們的第一判斷極為重要。細菌性腹瀉又稱細菌性拉稀，如何區別是病毒性腹瀉還是細菌性拉稀。

(1)從發病流行季節上找差異：病毒性腹瀉多發生在冬春季節，而細菌性拉稀一年四季均可發生。

(2)臨床表現上找差異：從名詞上可看出腹瀉要比拉稀來勢兇猛，故從形態上、顏色上、氣味上、排便頻。腹瀉多呈水樣，也稱水瀉;而拉稀則是指糞便淡薄，多呈稀糊狀。

病毒性腹瀉如豬傳染性胃腸炎：幼仔豬常忽然發病，呈水樣急劇腹瀉、惡臭、嘔吐，很快脫水，體重及體溫下降，死亡率高達80%以上，斷奶仔豬呈水樣腹瀉及嘔吐，糞便呈灰色或茶褐色。豬流行性腹瀉：病豬體溫升高至41℃，但開始腹瀉后體溫恢復正常。10日齡內仔豬發病嚴重，拉黃色或淺綠色稀糞。

豬輪狀病毒病：病豬嘔吐腹瀉，糞呈水樣至糊狀，呈黃、灰或玄色。

細菌性腹瀉拉稀中，無論是拉血便的豬痢疾【7-12周齡的仔豬和幼豬易感】和仔豬紅痢【主要侵害1-3日齡仔豬、7天后仔豬很少發生】，還是大腸桿菌引的仔豬黃痢【10-20日齡仔豬】和白痢【1-3日齡仔豬】，以及拉黃色稀糊狀有惡臭味的仔豬副傷寒【多發生于6月齡一下仔豬、2～4月齡仔豬多，寒冷或者季節交替時高發】，大多可從拉稀糞便的顏色、氣味上相區別。