一、災后新建畜禽場舍的選擇：重新建場，畜禽場舍應建在遠離村莊、交通方便、地勢高燥和沒有病死畜禽及其污染物污染的地方，圈舍四周應挖排水溝，以減少洪澇災害時對畜禽生產的危害。
二、災后畜禽舍的處理：在確保畜禽舍沒有安全隱患的前提下，首先清除畜禽舍內溺死的動物尸體、洪水退去后留下的污泥、糞料及雜物等，然后對地面和水泥墻面進行沖洗，沖洗干凈后再進行消毒，常用的消毒藥為2－3％的燒堿水、20％的漂白粉等，籠具和舍內空間可用3％的來蘇爾或0.02－0.03％的過氧乙酸噴灑消毒，用藥后畜舍盡量密封，以保證消毒效果。
最好間隔幾天消毒一次，連續2－3次。隨后要加強通風換氣，待舍內清潔干燥后，方可轉入畜禽。畜禽轉入后，還要定期開展殺蚊滅蠅及滅鼠工作，以減少通過蚊蟲和老鼠傳播疫病的機會。
三、災后畜禽舍周圍環境的處理：首先清除周邊可能見到的溺死動物尸體及其他污染物；清除排水溝里的污水、污物，保持排水暢通，以減少蚊蟲的滋生。對畜禽舍周圍環境在清掃后進行消毒，消毒應包括畜禽舍周圍5米內的地面及畜禽舍外墻面，可用2％－3％的燒堿溶液噴霧消毒，畜禽舍周圍1.5－2米地帶可撒生石灰消毒；運送畜禽糞便的道路、糞堆等地面可用過氧乙酸或燒堿溶液噴灑消毒，并將清掃后的糞便及污物、雜物等進行堆積發酵，利用生物熱進行消毒。
四、災后畜禽及其他動物尸體的處理：對收集的病死或溺死畜禽尸體及死鼠尸體一定要進行無害化處理，最好的辦法是在遠離養殖場、村莊及水源的地方，挖一深達2米以上的深坑，把病死動物的尸體及其污染物放入坑內，澆灑柴油或汽油進行焚燒，焚燒結束撒上生石灰，在用土厚厚的埋上。這樣可徹底殺滅病原菌，不為今后留下隱患。災后畜禽糞便的處理：畜禽糞便含有大量的病原菌和寄生蟲蟲卵，是畜禽傳染病和寄生蟲病的傳染源，如果處理不當，很可能會造成疫病的傳播和流行。糞便消毒最經濟實用的方法，是堆積發酵，利用生物熱進行消毒，可有效殺滅大多數細菌、病毒和寄生蟲卵囊。糞堆表面及四周可用2－3％的燒堿水進行噴灑消毒，如能用塑料薄膜將糞堆嚴密覆蓋效果更好。
五、災后飼料的安全處理：加強對災后飼料的管理，防止霉變飼料對畜禽造成危害。預防飼料霉變的方法有：（1）將飼料保存在空氣流通、清潔干燥的地方。（2）密封貯存飼料，抑制霉菌生長。（3）飼料中加入防霉劑：每噸配合飼料中加入0.5千克的克霉凈，可使飼料2個月不霉變，不結塊。因洪澇而造成的霉變飼料最好不要直接飼喂畜禽，以防引發畜禽霉菌病和霉菌毒素中毒。但為了減少損失，對霉變不太嚴重的飼料可進行脫毒處理后，少量搭配飼喂，常用的脫毒方法有：（1）水洗去毒法（2）蒸煮去毒法等。
六、災后畜禽飲水的安全處理：水災后，災區河塘里的水質嚴重污染，各種病菌混雜，極易引發畜禽疫病，不可直接作為畜禽的飲用水。對于污染的井水可采取抽空排盡的辦法，讓其重新滲入干凈的井水，再用漂白粉消毒一次，即可作為畜禽的飲用水；如果沒有井水，也可通過飲水消毒的方法來處理河塘污染水，可先用明礬等對取回的河塘水進行沉淀處理，再用消毒劑如漂白粉、百毒殺等進行消毒，或通過煮沸的方法直接進行殺菌消毒，經過這樣處理的水就可以放心的飼喂畜禽了。對水災后受到污染的畜禽飲水器、水槽、食槽等也要通過清洗、消毒后方可再次使用；另外，每次放牧前要讓家畜喝到足夠的清潔飲水，以防放牧時牛羊等家畜因口渴而亂飲污水導致生病，且不要在有污染的草地上放牧；鴨群在放牧時還要當心吃了洪水退卻后河邊遺留下的死魚蝦而引起的肉毒梭菌毒素中毒癥。
七、災后更要加強飼養管理，保證飼料營養均衡，提高機體抵抗力。水災過后，經歷了水災惡劣環境的畜禽身體體質下降，在災后高溫高濕的飼養條件下，很容易感染發病。所以，務必加強畜禽舍的通風換氣，保持畜舍干燥、衛生，并適時予以降溫，給畜禽創造一個良好的生活環境；另外要保證飼料營養全面，不能因為飼料原料價格高就任意降低飼料營養標準，或缺少維生素和微量元素等，結果會導致體質下降，容易繼發其他疫病的發生。所以，一定要根據畜禽不同生長階段的需要供給營養全面的飼料，適當增喂一些復合多維、電解質及免疫增強劑等，以增強機體的抗應激能力和抵抗力，在疫病高發期還要在飼料中添加抗菌素和抗病毒藥物以預防疫病的發生。如近期我國長江流域豬的高致病性藍耳病發生較嚴重，一旦發病很難治愈，所以必須提前做好防疫和藥物預防工作。
八、災后要加強畜禽傳染病和寄生蟲病的適時監控，做好免疫預防工作。水災過后，災區幸存的畜禽大多有和污染源接觸的機會，有隱性帶菌或潛伏感染的可能，養殖人員和基層獸醫人員必須密切監控，如發現疫情并懷疑為烈性傳染病時，必須立即上報，并對疫區或疫點進行封鎖，隔離和消毒，不得私宰、出售和食用病死畜禽，以免造成疫情擴散，待疫情確診后根據確診的病性再采取相應的處理措施。對可能發生的疫病要進行緊急免疫接種，可根據當地歷史上發生過的疫情和現行發生的疫情及時給健康畜禽接種相應的疫苗。因被洪水淹沒過的畜禽舍，各種致病菌及病毒都有可能存在，而且有些傳染性很強。因此在畜禽入舍之前一定要做好疫苗的接種工作，在接種的過程中，要嚴格按照操作規程進行，不得漏注或少注，對要求加強免疫的疫苗應按時復種，如豬瘟等。水災后一般不宜立即補欄，在為補欄做準備的同時，要觀察本場和臨近飼養戶現存畜禽的健康狀況，至少觀察15－20天后所養畜禽一切正常才可考慮引種補欄，所引進的畜禽必須來自非疫區，且已經做過必要的免疫預防，在隔離飼養后確認健康時方可合群飼養。對在污染草場放牧的牛羊等家畜要投服廣譜驅蟲藥以驅除體內可能感染的寄生蟲；對災區畜禽寄生蟲病也要開展普查工作，一旦發現疫情，要立即在流行區內普遍進行驅蟲，并定期進行檢測，了解和鞏固治療效果。
二、災后畜禽舍的處理：在確保畜禽舍沒有安全隱患的前提下，首先清除畜禽舍內溺死的動物尸體、洪水退去后留下的污泥、糞料及雜物等，然后對地面和水泥墻面進行沖洗，沖洗干凈后再進行消毒，常用的消毒藥為2－3％的燒堿水、20％的漂白粉等，籠具和舍內空間可用3％的來蘇爾或0.02－0.03％的過氧乙酸噴灑消毒，用藥后畜舍盡量密封，以保證消毒效果。
最好間隔幾天消毒一次，連續2－3次。隨后要加強通風換氣，待舍內清潔干燥后，方可轉入畜禽。畜禽轉入后，還要定期開展殺蚊滅蠅及滅鼠工作，以減少通過蚊蟲和老鼠傳播疫病的機會。
三、災后畜禽舍周圍環境的處理：首先清除周邊可能見到的溺死動物尸體及其他污染物；清除排水溝里的污水、污物，保持排水暢通，以減少蚊蟲的滋生。對畜禽舍周圍環境在清掃后進行消毒，消毒應包括畜禽舍周圍5米內的地面及畜禽舍外墻面，可用2％－3％的燒堿溶液噴霧消毒，畜禽舍周圍1.5－2米地帶可撒生石灰消毒；運送畜禽糞便的道路、糞堆等地面可用過氧乙酸或燒堿溶液噴灑消毒，并將清掃后的糞便及污物、雜物等進行堆積發酵，利用生物熱進行消毒。
四、災后畜禽及其他動物尸體的處理：對收集的病死或溺死畜禽尸體及死鼠尸體一定要進行無害化處理，最好的辦法是在遠離養殖場、村莊及水源的地方，挖一深達2米以上的深坑，把病死動物的尸體及其污染物放入坑內，澆灑柴油或汽油進行焚燒，焚燒結束撒上生石灰，在用土厚厚的埋上。這樣可徹底殺滅病原菌，不為今后留下隱患。災后畜禽糞便的處理：畜禽糞便含有大量的病原菌和寄生蟲蟲卵，是畜禽傳染病和寄生蟲病的傳染源，如果處理不當，很可能會造成疫病的傳播和流行。糞便消毒最經濟實用的方法，是堆積發酵，利用生物熱進行消毒，可有效殺滅大多數細菌、病毒和寄生蟲卵囊。糞堆表面及四周可用2－3％的燒堿水進行噴灑消毒，如能用塑料薄膜將糞堆嚴密覆蓋效果更好。
五、災后飼料的安全處理：加強對災后飼料的管理，防止霉變飼料對畜禽造成危害。預防飼料霉變的方法有：（1）將飼料保存在空氣流通、清潔干燥的地方。（2）密封貯存飼料，抑制霉菌生長。（3）飼料中加入防霉劑：每噸配合飼料中加入0.5千克的克霉凈，可使飼料2個月不霉變，不結塊。因洪澇而造成的霉變飼料最好不要直接飼喂畜禽，以防引發畜禽霉菌病和霉菌毒素中毒。但為了減少損失，對霉變不太嚴重的飼料可進行脫毒處理后，少量搭配飼喂，常用的脫毒方法有：（1）水洗去毒法（2）蒸煮去毒法等。
六、災后畜禽飲水的安全處理：水災后，災區河塘里的水質嚴重污染，各種病菌混雜，極易引發畜禽疫病，不可直接作為畜禽的飲用水。對于污染的井水可采取抽空排盡的辦法，讓其重新滲入干凈的井水，再用漂白粉消毒一次，即可作為畜禽的飲用水；如果沒有井水，也可通過飲水消毒的方法來處理河塘污染水，可先用明礬等對取回的河塘水進行沉淀處理，再用消毒劑如漂白粉、百毒殺等進行消毒，或通過煮沸的方法直接進行殺菌消毒，經過這樣處理的水就可以放心的飼喂畜禽了。對水災后受到污染的畜禽飲水器、水槽、食槽等也要通過清洗、消毒后方可再次使用；另外，每次放牧前要讓家畜喝到足夠的清潔飲水，以防放牧時牛羊等家畜因口渴而亂飲污水導致生病，且不要在有污染的草地上放牧；鴨群在放牧時還要當心吃了洪水退卻后河邊遺留下的死魚蝦而引起的肉毒梭菌毒素中毒癥。
七、災后更要加強飼養管理，保證飼料營養均衡，提高機體抵抗力。水災過后，經歷了水災惡劣環境的畜禽身體體質下降，在災后高溫高濕的飼養條件下，很容易感染發病。所以，務必加強畜禽舍的通風換氣，保持畜舍干燥、衛生，并適時予以降溫，給畜禽創造一個良好的生活環境；另外要保證飼料營養全面，不能因為飼料原料價格高就任意降低飼料營養標準，或缺少維生素和微量元素等，結果會導致體質下降，容易繼發其他疫病的發生。所以，一定要根據畜禽不同生長階段的需要供給營養全面的飼料，適當增喂一些復合多維、電解質及免疫增強劑等，以增強機體的抗應激能力和抵抗力，在疫病高發期還要在飼料中添加抗菌素和抗病毒藥物以預防疫病的發生。如近期我國長江流域豬的高致病性藍耳病發生較嚴重，一旦發病很難治愈，所以必須提前做好防疫和藥物預防工作。
八、災后要加強畜禽傳染病和寄生蟲病的適時監控，做好免疫預防工作。水災過后，災區幸存的畜禽大多有和污染源接觸的機會，有隱性帶菌或潛伏感染的可能，養殖人員和基層獸醫人員必須密切監控，如發現疫情并懷疑為烈性傳染病時，必須立即上報，并對疫區或疫點進行封鎖，隔離和消毒，不得私宰、出售和食用病死畜禽，以免造成疫情擴散，待疫情確診后根據確診的病性再采取相應的處理措施。對可能發生的疫病要進行緊急免疫接種，可根據當地歷史上發生過的疫情和現行發生的疫情及時給健康畜禽接種相應的疫苗。因被洪水淹沒過的畜禽舍，各種致病菌及病毒都有可能存在，而且有些傳染性很強。因此在畜禽入舍之前一定要做好疫苗的接種工作，在接種的過程中，要嚴格按照操作規程進行，不得漏注或少注，對要求加強免疫的疫苗應按時復種，如豬瘟等。水災后一般不宜立即補欄，在為補欄做準備的同時，要觀察本場和臨近飼養戶現存畜禽的健康狀況，至少觀察15－20天后所養畜禽一切正常才可考慮引種補欄，所引進的畜禽必須來自非疫區，且已經做過必要的免疫預防，在隔離飼養后確認健康時方可合群飼養。對在污染草場放牧的牛羊等家畜要投服廣譜驅蟲藥以驅除體內可能感染的寄生蟲；對災區畜禽寄生蟲病也要開展普查工作，一旦發現疫情，要立即在流行區內普遍進行驅蟲，并定期進行檢測，了解和鞏固治療效果。
