毛細管電泳(Capillaryelec。trophoresis,CE)主要分為毛細管區帶電泳(CZE)、毛細管膠束電動色譜(MECC)、毛細管凝膠電泳(CGE)、毛細管等速電泳(CITP)、毛細管等點聚焦(CIEF)、毛細管電色譜(CEC)、親和毛細管電泳(ACE)，其中以CZE和MECC在藥物分析中應用較多。現就其在體內藥物分析中的應用作一介紹。
Hsu LC等用HPLC和CZE同時測定噴昔洛韋（PCV）的含量，相對于HPLC的22min出峰，CZE只需7 min，且不用有機溶劑，雖然CZE的靈敏度較HPLC差，但明顯具有快速、簡便等優點。
Zhang SS等用CZE檢測人尿中的阿昔洛韋（ACV）含量，同時比較紫外檢測器和電化學檢測器，紫外檢測的檢測限8.5μg/ml，使用電化學檢測器，檢測限可達0.15μg/ml。
Zauggs等用β-環糊精為手性添加劑的CZE方法合用以十二烷基硫酸鈉為表面活性劑的MECC的方法分離奎寧、奎尼丁等化合物，利用化學免疫方法鑒別出奎寧、奎尼丁。利用CZE、MECC和LIF檢測器特別適合奎尼丁及其代謝物在尿和血漿中的分析，以及奎寧在尿、唾液、血清中的分析。奎寧、奎尼丁在體液分析中，MECC和LIF檢測器其檢測限能達到10μg/mL，MECC、CZE和uV檢測器其檢測限能達到ppm。
段京莉等在HPCE測定茶堿濃度的方法研究中，將血漿樣品用三氯醋酸沉淀蛋白，以咖啡因為內標，所用緩沖液[50mol／L十二烷基磺酸鈉(SDS)加人25 mmol／L磷酸鹽緩沖液]DH為8.0，進樣，于203mn處檢測，茶堿、內標與雜質成分分離完全，血漿對測定沒有干擾，平均回收率為101.75％ ，日內RSD小于3％，日間RSD小于4％(r=0.9987)。該法與HPLC測定法比較，其測定結果無顯著性差異，適用于臨床病人血藥濃度監測。
陳亞飛等利用毛細管電泳測定兔血漿中苦參類生物堿的濃度經時變化過程。HPCE和HPLC相比，在分辨率、分離效能及減少樣品體積方面具有較大的優勢，似乎可以認為通過HPCE進行定性分析時獲得的信息極大地補充，甚至取代HPLC方法。毛細管不易污染，也容易再生。CE可直接分析“臟”樣品，大小分子可同時分析。由于毛細管電泳為柱上檢測，光程短，其濃度靈敏度要低1～2個數量級，而采用柱上富集技術來提高靈敏度，可使CE檢測靈敏度和HPLC媲美。CE容易選擇各種分離性的添加劑，還可與質譜等聯用，能較好地替代HPLC效率低、分析物在溶劑系統中擴散系數小等不足。用CE在線濃縮可使檢測限降低5000倍，從而使得CE成為檢測體液中較低濃度藥物的有力工具。
夏東亞等利用HPCE法測定人血清中美羅培南的濃度，血清樣品用乙腈沉淀蛋白，以頭孢哌酮(工)為內標，緩沖液(66mmol／L磷酸鹽緩沖液)pH為5.8，正極壓力進樣，進樣壓力為5kPa，分離電壓為30kV，柱溫為25℃ ，檢測波長為297nm，測得美羅培南(Ⅱ)及I與血清中其他內源性雜質完全分離，在5～200mg／L范圍內Ⅱ／I的峰面積比與濃度呈良好的線性關系，方法回收率為98.45％～101.42％ ，日內和日問RSD分別小于8％和14％，最低檢測濃度為4 mg／L。此法簡便、快速、準確，適用于臨床藥動學研究及血藥濃度監測。
Hsu LC等用HPLC和CZE同時測定噴昔洛韋（PCV）的含量，相對于HPLC的22min出峰，CZE只需7 min，且不用有機溶劑，雖然CZE的靈敏度較HPLC差，但明顯具有快速、簡便等優點。
Zhang SS等用CZE檢測人尿中的阿昔洛韋（ACV）含量，同時比較紫外檢測器和電化學檢測器，紫外檢測的檢測限8.5μg/ml，使用電化學檢測器，檢測限可達0.15μg/ml。
Zauggs等用β-環糊精為手性添加劑的CZE方法合用以十二烷基硫酸鈉為表面活性劑的MECC的方法分離奎寧、奎尼丁等化合物，利用化學免疫方法鑒別出奎寧、奎尼丁。利用CZE、MECC和LIF檢測器特別適合奎尼丁及其代謝物在尿和血漿中的分析，以及奎寧在尿、唾液、血清中的分析。奎寧、奎尼丁在體液分析中，MECC和LIF檢測器其檢測限能達到10μg/mL，MECC、CZE和uV檢測器其檢測限能達到ppm。
段京莉等在HPCE測定茶堿濃度的方法研究中，將血漿樣品用三氯醋酸沉淀蛋白，以咖啡因為內標，所用緩沖液[50mol／L十二烷基磺酸鈉(SDS)加人25 mmol／L磷酸鹽緩沖液]DH為8.0，進樣，于203mn處檢測，茶堿、內標與雜質成分分離完全，血漿對測定沒有干擾，平均回收率為101.75％ ，日內RSD小于3％，日間RSD小于4％(r=0.9987)。該法與HPLC測定法比較，其測定結果無顯著性差異，適用于臨床病人血藥濃度監測。
陳亞飛等利用毛細管電泳測定兔血漿中苦參類生物堿的濃度經時變化過程。HPCE和HPLC相比，在分辨率、分離效能及減少樣品體積方面具有較大的優勢，似乎可以認為通過HPCE進行定性分析時獲得的信息極大地補充，甚至取代HPLC方法。毛細管不易污染，也容易再生。CE可直接分析“臟”樣品，大小分子可同時分析。由于毛細管電泳為柱上檢測，光程短，其濃度靈敏度要低1～2個數量級，而采用柱上富集技術來提高靈敏度，可使CE檢測靈敏度和HPLC媲美。CE容易選擇各種分離性的添加劑，還可與質譜等聯用，能較好地替代HPLC效率低、分析物在溶劑系統中擴散系數小等不足。用CE在線濃縮可使檢測限降低5000倍，從而使得CE成為檢測體液中較低濃度藥物的有力工具。
夏東亞等利用HPCE法測定人血清中美羅培南的濃度，血清樣品用乙腈沉淀蛋白，以頭孢哌酮(工)為內標，緩沖液(66mmol／L磷酸鹽緩沖液)pH為5.8，正極壓力進樣，進樣壓力為5kPa，分離電壓為30kV，柱溫為25℃ ，檢測波長為297nm，測得美羅培南(Ⅱ)及I與血清中其他內源性雜質完全分離，在5～200mg／L范圍內Ⅱ／I的峰面積比與濃度呈良好的線性關系，方法回收率為98.45％～101.42％ ，日內和日問RSD分別小于8％和14％，最低檢測濃度為4 mg／L。此法簡便、快速、準確，適用于臨床藥動學研究及血藥濃度監測。