微生物發酵劑省時省工省成本，但要注意選擇合適的產品，同時還要正確操作使用，才能達到較好的經濟效益，否則會造成不必要的損失。
　　(1)了解發酵劑成分與來源，復合菌優于單一菌：不同用途的發酵劑來源不同，組成成分也不同，有的是單一功能菌，有的是復合菌，有的菌未經提純復壯，本身身體不強壯，有的甚至虛弱，導致功能大打折扣或根本無效。辨別的辦法是一要細看說明書，二要向廠家、經銷商或技術人員咨詢相關詳情，三是小批量先試用。
　　(2)發酵類型，一般優先用好氧型：發酵類型主要有兩種，即好氧發酵和厭氧發酵，一般來說，好氧發酵其發酵強度和徹底程度均遠優于厭氧發酵。厭氧發酵是在特定的條件下進行的，一般發酵不徹底，如，制作沼氣，或因高度缺氧，一些兼性微生物被迫厭氧發酵(特殊專性厭氧微生物除外)。
　　(3)發酵劑的用量及發酵時間，量少時短好：發酵劑用量越大，花錢越多，發酵耗時越長，人工成本、水電成本等各項費用越高，因而越劃不來，有的發酵劑用量為1‰，有的用量為2‰，單價降下幾塊錢，喜歡便宜貨的外行挺高興。但回過頭來一想，不對勁，成本費用相差不是一元，而是一倍！甚至是幾十元！有的發酵時間為7-10天，有的為半個月或更長，耗時越長越不利，多耗一天，多一天的成本，多誤一天的事。
　　(4)發酵后雜菌含量多少：發酵完成后雜菌越少越好，雜菌多，相當于白養了一群只管吃米不會下蛋的雞，白白浪費營養，增加成本費用。有的廠家發酵劑或用戶自留發酵菌(自留發酵菌種是一種典型的想當然，就象有的人偏不信邪，將前一茬的雜交稻或西瓜種子自留到下一茬使用一樣，既可笑又危險，很可能帶來巨大的損失)，甚至出現反客為主，即雜菌遠多于功能菌的可笑現象。
　　(5)發酵徹底與否：最好發酵一次，二次發酵越少越好。