大水面養魚，魚病防治有一定難度，普遍施藥既不經濟又易造成污染。實踐證明，采取以下幾種方法，可有效地控制大水面魚病的發生。
        1.魚種消毒。選擇體格健壯的大規格魚種，消毒后放養。常用的魚種消毒藥有漂白粉、硫酸銅、食鹽、高錳酸鉀等。一般每1000kg消毒水中的藥物投放量為：漂白粉10g，硫酸銅8g，食鹽10～20kg，高錳酸鉀20g。這些藥物對魚體皮膚和鰓上的細菌、寄生蟲都有一定的殺滅作用。
        2.餌料消毒。投喂的餌料必須清潔、新鮮，最好經過消毒。動物性飼料如螺、蜆等用清水洗凈，選取鮮活的投喂。植物性餌料如各種水草、旱草等，放在6mg/L的漂白粉溶液中浸泡20～30分鐘后投喂。施用有機肥料，每1000kg肥料中加漂白粉200g，且攪拌均勻。
        3.藥物掛袋。主要在食臺周圍定期掛藥袋消毒。每個食臺掛3～6個藥袋。漂白粉掛袋每袋用藥100g，每天換1次藥，連用3天。硫酸銅、硫酸亞鐵合劑掛袋，每袋用硫酸銅100g、硫酸亞鐵40g，每天換1次藥，連用3天。
        4.投喂藥餌。防治吃食性魚易發的腸炎病等魚病，可以投喂藥餌治療。有針對性地選用魚用內服藥，用麥粉等做粘合劑，加正常投餌量1/3的精料制成藥餌投喂。
        5.中藥預防。可就地采集，來源廣，成本低，一般無副作用的中草藥防治魚病。馬尾松葉可防治草魚腸炎和爛鰓病;烏桕樹葉、大黃根莖可防治爛鰓病、白頭白嘴病;地錦、鐵莧菜、水辣蓼可防治草魚、青魚腸炎病和爛鰓病：楝樹的根、莖、葉可防治魚類寄生蟲病，土荊芥、貫眾可防治毛細線蟲病。各種中草藥可根據具體用藥要求，采取水煎汁潑灑、扎捆沉水、拌藥餌等方法用藥。
        6.控制施肥。大水面養魚必須控制施肥量，保持水域生態平衡，不能過量施用有機肥和無機肥。過量施用人畜糞，魚容易感染寄生蟲病;過量施用化肥，浮游生物會突然大量繁殖，導致水質惡化，魚病暴發。