青霉素是獸醫臨床上給畜禽治療疾病的常用藥。但是，往往因使用不夠合理而導致各種不良后果，不僅給養殖戶增加成本，還會造成無謂的經濟損失。實踐表明，必須對癥用藥，合理使用，才能真正發揮藥物作用，治好疾病，降低成本。
　　合理對癥用藥
　　青霉素是廣普抗生素，只對多數革蘭氏陽性菌、部分革蘭氏陽性球菌、螺旋體、放線菌等具有強大的作用，對革蘭氏陽性菌如大腸桿菌、沙門氏菌等作用較弱，對結核桿菌、病毒等無效，對耐藥的葡萄菌也無效。因此，如果連續使用三天仍無效果，需要考慮換藥。
　　合理間隔用藥
　　青霉素在生物體內經過3小時~4小時有90％已排泄，6小時血藥濃度明顯降低。而細菌受到青霉素的沖擊后再生只需3小時不接觸藥物，而重新繁殖的細菌易產生耐藥性。
　　所以，青霉素在臨床治療中要連續使用3天~5天，每天最少要使用2次~3次，在癥狀消失后還需要用藥1天~2天以鞏固治療。
　　合理聯合用藥一是青霉素與氨基糖菌類抗生素可協同作用，如鏈霉素、慶大霉素等；二是青霉素與丙磺舒、水楊酸類有協同作用；三是青霉素在中性溶液中較為穩定，在臨床應用時最好用注射用水或生理鹽水溶液，必須現用現配，絕對不能與維生素C、維生素B、碳酸氫鈉、阿托品等混合使用，以免產生混濁，降低效價。
　　合理用藥途徑
　　青霉素鉀不耐酸，內服會被胃酸消化酶破壞，僅有少量被吸收，一般達不到血藥濃度，不宜內服。還因其水溶液極不穩定，放置時間越長分解越多，因此，用藥后不宜飲水。最佳的用藥途徑是肌肉注射或靜脈滴注。有些疾病如創傷(化膿期)蜂窩組織炎或腐蹄病等，需局部用藥和全身給藥相結合，治療效果才更好。