自然養豬，把豬的糞尿處理當做非常重要的大事，因為豬的糞尿能在豬舍內變為飼料，豬舍使用3～5年也不用清除糞尿。即使不清除，糞尿也會越來越少，等到生豬出欄時，還必須補充相當一部分的墊料。自然養豬圈內幾乎沒有讓人捂鼻以及致人眩暈的臭味。沒有蛆蠅。因豬群很安靜，不用擔心由于養豬而產生的噪音影響鄰里。豬糞是微生物的良好食物，以豬糞為食物的微生物，源源不斷地繁殖，使豬舍圈面的微生物種類更加豐富。豬的糞尿靠土著微生物的作用轉換為飼料，為人類和自然的共存共榮打下了基礎。所以，自然養豬不像工廠化養豬，不需要糞尿處理方面的耗資。更有意思的是豬舍的糞便越陳，豬生長發育的就越快，豬肉的品質也越好。這就同深山老林里茂盛的森林，時間越久，地力越強，樹木也就越長越蒼翠是一個道理。