養殖場不僅僅要搞好防疫。還要特別重視消毒。因為打防疫針不可能所有的病都能預防。有的雖然免疫注射了，但還不能達到100%的免疫效果，一旦場區和畜舍的某種病毒細菌大量繁殖，就容易爆發某種疫病。養殖場消毒的主要目的是殺滅傳染源的病原體，防止疫病蔓延流行。
    消毒前應先將可拆除的用具運至舍外清掃、浸泡、沖洗、刷刮，并反復消毒，舍內從屋頂、墻壁、門窗，直至地面和糞池、水溝等按順序認真清理和沖刷干凈，然后再進行消毒。
    利用藥物給養殖場消毒時，應根據藥物特性及消毒對象選用合適的藥物。現將養殖場常用消毒藥物的特性介紹如下：
    堿類消毒藥：包括氫氧化鈉（燒堿）、生石灰及草木灰等，它們對病原菌有殺滅作用。
    1.氫氧化鈉對紡織品及金屬制品有腐蝕性，故不宜對以上物品進行消毒，而且對于其他設備、用具，在用燒堿消毒半天后要用清水洗凈，以免燒傷畜禽的蹄部或皮膚。
    2.生石灰溶于水后會變成氫氧化鈣，同時會產生熱量。通常將生石灰配成10—20%的溶液，用于畜禽養殖場的地板或墻壁消毒。另外，生石灰也可用于病死畜禽的無害化處理，其方法是在掩埋病死畜禽時，先撒上生石灰粉，然后蓋上泥土，這樣就能有效殺滅病原菌。
    強氧化劑型消毒藥：常用的消毒藥物有過氧乙酸及高錳酸鉀等，它們對細菌、芽孢和真菌有強烈的殺滅作用。
    1.過氧乙酸：可配成0.2—0.5%的濃度，對畜禽欄舍、飼料槽、用具、車輛、食品車間地面及墻壁進行噴霧消毒。也可進行帶畜禽消毒，但要注意現配現用，因為它容易氧化。
    2.高錳酸鉀：是一種強氧化劑，遇到有機物即起氧化作用，不僅可以消毒，還可以除臭，常配成0.1%的水溶液供畜禽飲用，來治療畜禽胃腸道疾病；0.5%的溶液可以消毒皮膚、黏膜和創口，用于洗胃可以促使毒物氧化分解；4%的溶液通常用于消毒飼料槽及用具，殺菌效果比較顯著。高錳酸鉀高濃度水溶液對畜禽組織有刺激性和腐蝕性，使用時應注意。
    3.新潔爾滅：這是一種陽離子表面活性劑型的消毒藥，既有清潔作用，又有抗菌消毒效果，其特點是對畜禽組織無刺激性、作用快、毒性小，對金屬及橡膠均無腐蝕性，但價格較高。0.1%的溶液可用于器械用具的消毒，0.5—1%的溶液可用于手術時的局部消毒，但要避免與陰離子活性劑（如肥皂等）共用，否則會降低消毒殺菌效果。
    有機氯消毒劑：包括消殺靈、菌素凈及漂白粉等。它們能夠殺滅細菌、芽孢、病毒及真菌，殺菌作用強，但藥效持續時間不長。主要用于畜禽欄舍、欄槽及車輛等的消毒。另外，漂白粉可用于飲水消毒，但氯制劑具有腐蝕金屬、久貯易失效等缺點。
    復合酚：其商品名又叫消毒靈、農樂等，可以殺滅細菌、病毒和霉菌，對多種寄生蟲卵也有殺滅效果。主要用于畜禽欄舍、設備器械、場地的消毒，殺菌作用強，通常施藥1次后，藥效可維持5-7天。但要注意不能與堿性藥物或其他消毒藥混合使用。
    雙鏈季胺鹽類消毒藥：如百毒殺，它是一種新型消毒藥，具有性質穩定、安全性好、無刺激性和腐蝕性等特點，能夠迅速殺滅各種致病微生物，藥效持續時間約為10天，適用于飼養場地、欄舍、用具、飲水器、車輛、孵化機及種蛋的消毒，也可用于對存有活畜禽場地的消毒。
    使用藥物消毒，不要長期單一使用同一種類的消毒劑。