孵化過程中的衛生與消毒，是確保防止胚胎與雛雞免受大腸肝菌和霉菌等病源微生物感染的重要基礎。有條件的種雞場可以對種蛋、孵化室、孵化器、出雛器和雛雞等進行實驗室檢測，以便隨時提醒管理與操作者及時采取凈化與消毒措施。沒有化驗條件的種雞場，應密切關注臭蛋、死胎產生數量及雛雞質量，一旦有所變化，應立即采取必要的控制措施，以保證為社會提供高質量的雛雞。下面提供種蛋凈化與孵化消毒程序，供參考使用。
1 為了減少種蛋污染，應盡量增加揀蛋次數。每天從上午6～11點鐘和下午2～6點鐘，每小時揀蛋一次。
2 應將糞便污染過的蛋、裂紋蛋及過夜蛋淘汰。
3 將每次收集的種蛋立即送到消毒柜進行熏蒸消毒。采用每立方米福爾馬林42毫升，高錳酸鉀21克（3倍量），密閉熏蒸30分鐘，然后移入貯蛋室中10～18℃保存。
4 貯蛋室要清潔衛生無異味，無污染，每周噴霧消毒或用每立方米福爾馬林28毫升，高錳酸鉀14克（2倍量）熏蒸消毒一次（30分鐘）。
5 種蛋入孵后（約4～8小時），當孵化溫度恒定時，用兩倍量的福爾馬林加高錳酸鉀，關閉風門熏蒸30分鐘。
6 19天落盤之后6～8小時，孵化溫度恒定后，用每立方米福爾馬林14毫升，高錳酸鉀7克（1倍量），關閉風門，熏蒸20分鐘，之后按每立方米福爾馬林20毫升，不加高錳酸鉀進行自然熏蒸（不關風門）。至75～85%雞只出殼，但頸部的毛還未干時。出雛結束前6小時，再用1倍量的福爾馬林加高錳酸鉀，關閉風門熏蒸15分鐘。
7 巷道式孵化器（分批上蛋），孵化過程消毒方法如下：
①避開24～96小時胚胎，每7～10天用1倍量的福爾馬林加高錳酸鉀，關閉風門，熏蒸消毒15分鐘。
②每周用下列配制的消毒劑在風機進口處噴霧，通過負壓將消毒劑吸入箱內。用量為3000毫升（9萬枚蛋左右容量）。水溫為40℃。
配方：雙氧水1%，醋酸0.05%，季胺0.0175%，水適量。
配制3000毫升溶液各種成份含量：50%的雙氧水60毫升，20%的醋酸7.8毫升，11%的季胺4.8毫升，水2928毫升；合計3000毫升。或者直接用2%的雙氧水3000毫升每周噴霧消毒一次。
③出現嚴重污染情況下，可將孵化室溫度提高到26～30℃左右，將蛋車推出，用藥液徹底清洗消毒一次，防止長期連續孵化造成循環感染。
8 空箱孵化器，用前必須用水徹底沖刷，涼干之后用消毒劑噴霧消毒一次，并用2倍量的福爾馬林加高錳酸鉀熏蒸60～120分鐘，然后打開風機，排出有害氣體備用。
9 空箱出雛器，用前必須徹底沖刷并涼干，然后噴霧消毒，再用3倍福爾馬林加高錳酸鉀熏蒸60～120分鐘，然后打開風門，排出有害氣體備用。
10 蛋盤、蛋箱或雛雞盤必須每批采用1%火堿或氯類消毒劑浸泡12～24小時。
11 每批落盤或出雛結束之后用消毒劑噴灑孵化室一次。
12 孵化器排氣孔、風扇和水槽必須每批進行清理消毒。
13 臭蛋增多時，應立即查明原因并提前照蛋（10天內），及時小心的將臭蛋清除，并放在藥液中浸泡處理。
14 盡量增大孵化室的通風量、減少濕度，嚴防墻壁及天棚出現水珠，以免霉菌、大腸桿菌及其它病源微生物污染。
