一般來說，種蛋的表皮外殼上都不同程度的帶有病菌。如果入孵前不進行消毒，既影響孵化效果，又會把白痢、傷寒等病傳染給幼雛。因此，種蛋入孵前必須進行消毒。常用的消毒方法有以下三種：

1 新潔爾滅消毒法。此藥具有較強的除污和消毒作用。種蛋消毒時，可用5%的新潔爾滅原液，加水配制成0.1%濃度的溶液，用噴霧器噴灑在種蛋表面。

2 漂白粉液消毒法。將種蛋浸入含有活性氯的1.5%的漂白粉液中3分鐘，取出瀝干后即可入孵。使用此法，必須在通風處進行。

3 碘溶液消毒法。將種蛋置于0.1%濃度的碘溶液中，泡30~60秒，取出瀝干裝盤。碘溶液的配制方法是：碘片10克，碘化鉀15克，二者同溶于1000毫升的清水中，然后倒入9000毫升的清水中，浸泡種蛋10次后，溶液中的碘溶液濃度降低，如需再用，則可延長浸泡時間至90秒，或者添加新配制的溶液。