免疫程序是國家根據每種傳染病對動物可能的易感期及各地區發病規律嚴格制定出來的，但由于我國幅員遼闊，目前沒有適用各地區及飼養場的固定免疫程序。各地應根據當地的實際情況進行制定，要考慮畜禽種類、年齡、飼養管理水平、母源抗體的消長情況，疫苗的性質、類型，免疫途徑等因素，千萬不能照抄照搬別的地區的免疫程序。就是自己地區的免疫程序也不是一成不變的，應根據應用效果及傳染病流行情況隨時進行合理地調整。但是免疫程序一經確定，就要嚴格執行，千萬不要認為防疫時間越早越好、防疫次數越多越好。血清學抗體監測是主要的免疫參考依據。