診斷一般通過臨床癥狀、流行特點就可初步確診。若要確診還要進行血清學鑒定。注意該病與牛的傳染性水皰性口炎區別。

鑒別診斷本病與水泡性口炎的癥狀相似，不易區分，故應鑒別。其方法是采集典型發病的水泡皮，研細，以pH為7.6的磷酸鹽緩沖液(PBS)制成1∶10的懸液，離心沉淀，取上清液接種牛、豬、羊、馬、鼠，如果僅馬不發病，其它動物都發病，即是口蹄疫。

實驗室診斷取牛舌部、乳房或蹄部的新鮮水泡皮5～10g，裝入滅菌瓶內，加50%甘油生理鹽水，低溫保存，送有關單位鑒定。

預防鑒于口蹄疫具有多種動物宿主、高度接觸性傳染性、病毒抗原的多種性和變異性，以及感染后或接種疫苗后免疫期短等特點，因此，在實際工作中使口蹄疫的控制變得相當困難。為了控制本病的流行，目前采取的方法：

未發病場的預防措施嚴格執行防疫消毒制度全場應成立口蹄疫防治小組，負責疫病的防治工作；提高對本病危害性認識，自覺地遵守防疫消毒制度；場門口要有消毒間、消毒池，進出牛場必須消毒；嚴禁非本場的車輛入內。豬肉及病畜產品嚴禁帶進牛場食用；每月定期對畜舍、牛欄、運動場用2％苛性鈉或其他消毒藥進行消毒，消毒要嚴、要徹底。

堅持進行疫苗接種定期對所有牛只進行系統的疫苗注射，使牛具有較好的保護力。目前，疫苗種類很多，現列舉于下：

兔化弱毒疫苗舌面接種，常引起注射部位發生水泡。對犢牛有殘毒，可引起死亡。牛免疫期6個月以上。

鼠化弱毒疫苗注射后14d產生免疫力，免疫期4～6個月，新注射區的牛，疫苗注射后，可能有10％的牛蹄部和20％-30％的牛口腔出現水泡和爛斑。此外，還有雞胚化弱毒苗、組織培養弱毒苗和滅活苗。

遺傳工程已應用于口蹄疫疫苗的研究之中，它不用口蹄疫病毒作原料，而納入疫苗中的是一種特殊病毒蛋白。這種特異蛋白來自經遺傳工程控制和處理的大腸埃希氏菌培養物，這種蛋白只能刺激接種動物產生口蹄疫抗體，而不致由此造成感染。

我國蘭州生產并已使用的口蹄滅活疫苗，其型和免疫程序：

疫苗牛羊O型口蹄疫滅活疫苗(單價苗)，牛羊O-A型口蹄疫雙價滅活疫苗(雙價苗)。

規模化奶牛場免疫程序①種公牛后備牛：每年注苗2次，每隔6個月注苗一次。單價苗肌肉注射3mL／頭，雙價苗肌肉注射4mL／頭。

②生產母牛：分娩前3個月肌肉注射單價苗3mL／頭或雙價苗4mL／頭。

③犢牛：出生后4～5個月首免，肌肉注射單價苗2mL／頭或雙價苗2mL／頭。首免后6個月二免(方法、劑量同首免)，以后每間隔6個月接種一次，肌肉注射單價苗3mL／頭或雙價苗4mL／頭。