球蟲蟲株的種類、數量以及寄生部位蟲株不同，其致病力也不同，感染數量未達到一定程度，其個體不表現出球蟲癥狀。對中等毒力的蟲株而言，感染數量過多時，所產生新的卵囊數卻相應減少，稱為“相擠效應”，不同蟲株有其特定寄生部位，如果寄生部位發生改變其致病力會下降乃至消失。

與其他病原關系

組織損傷和腸道功能的變化可造成各種有害細菌的入侵和繁殖，在雞體內大腸桿菌和球蟲之間有相互作用。雞群如受到馬立克氏病病毒的感染后，對球蟲病的免疫力受到干擾容易引發球蟲病；傳染性法氏囊病可加劇球蟲病，而球蟲病會大大加劇傳染性法氏囊病的危害作用；球蟲病和呼腸孤病毒同時存在時，雞發生跗關節疾病的比例比單獨發生呼腸孤病毒時大大提高；球蟲病和黃曲霉毒素同時存在時，死亡率可高達60%。研究表明，球蟲與其他腸道細菌具有協同作用，腸道細菌會起到增強球蟲致病力的作用；球蟲感染后可使機體對馬立克氏病、傳染性法氏囊病的易感性增強。

當前流行特點

發病率高，發病日齡廣

近幾年來球蟲病的發病率也越來越高，低日齡肉雞發病的現象也越來越常見，最早的可見8日齡雞只發病，而產蛋雞小腸球蟲在一些地區也很流行。