清潔是將養殖環境中不該存在的微生物及其生長條件清理掉，清潔在養殖過程是必不可少的，不論是發酵床還是水泥圈舍都應定期進行。消毒是將環境中的病原微生物盡可能全部殺滅。對于動物生存的環境來說，其周圍存在一定的微生物是非常必要的，適量的微生物對于保持動物免疫系統的警覺狀態是非常有利的。
而過度消毒，一是大量化學藥品進入環境，會造成更為嚴重的環境污染，對動物生存環境也造成極大破壞；二是環境中微生物因過度消毒而減少，使動物機體免疫功能逐漸退化，反而會造成更大問題。在日常生產中，我們要強調清潔和衛生；發生重大疫情威脅時，我們要強調消毒。在生產過程中，清潔比消毒更重要，日常清潔，每天都要做。
采用金寶貝干撒式發酵床養豬，墊料中加入的有益菌能迅速降解糞尿成為豬能采食的菌體蛋白、微量元素等，再加上金寶貝菌種占絕對數量優勢，有害菌得不到所需營養而受到抑制，同時大部分病原菌不耐高溫（通常40℃以上就很難存活），墊料發酵過程產熱使墊料表面溫度升高，冬季達到17-18℃，核心層溫度在60℃左右，可對各種寄生蟲、細菌、病毒起到殺滅或抑制作用。所以平時在發酵床上消毒沒有實際意義。但遇到大規模流行疫病時，全場仍可正常消毒，不影響發酵床的運行。且對發酵床定期進行清潔是非常重要的，清潔包括掩埋糞便、清理水槽和食槽、清掃走道等。
