卵巢是重要的性腺，它常因母體內分泌的紊亂、母體營養失衡、子宮狀況不佳而表現為多種不健康狀態，而影響性周期的正常運轉。主要的卵巢疾病表現有持久黃體、卵巢靜止、卵巢萎縮和卵巢囊腫。而卵巢囊腫又分為卵泡囊腫、黃體囊腫和黃體化囊腫。

（1）持久黃體 由于某些意外因素使卵巢上的黃體該退化而不退化，較久地（超過一個性周期）停留于卵巢上，稱為持久黃體。 ①病因：主要有運動不足、飼料不足，缺乏蛋白質、礦物質或維生素；乳牛泌乳負擔過重；某些子宮問題（屆時子宮不能產生足夠的前列腺素而消黃）及下丘腦或腦垂體的LRH或FSH、LH不足。 ②癥狀：性周期停止及延長，長期不發情，陰戶皺縮，直檢在卵巢同一部位間隔10天以上仍存有同一不退化黃體（懷孕例外）。 ③治療：改善飼養管理，凈化處理子宮，注射前列腺素，直腸內擠壓黃體或按摩黃體，刺激其消退。

（2）卵巢靜止或卵巢萎縮 卵巢處于不活動狀態，若彈性尚好稱卵巢靜止，若彈性減少，卵巢變小、硬實可視為萎縮。 ①病因：飼料不足、營養不良；母畜過肥；母畜全身疾病及子宮疾病；母牛分娩消耗過大。 ②癥狀：母牛常不發情，直檢時卵巢大小無變化上面亦無特殊結構（黃體或卵泡）稱卵巢靜止，卵巢變小或較硬實稱卵巢萎縮。 ③治療：老年性、嚴重疾病性卵巢萎縮治療較困難，其余采用：LRH或FSH+LH、PMSG+HCG，也可采用中藥淫羊霍、陽起石、紅花等，加強飼養管理，過肥牛實行減肥處理。

（3）卵巢囊腫 ①卵泡囊腫：精飼料過多，維生素A缺乏，垂體激素比例失調如卵泡刺激素(FSH)過多、黃體生成素（LH）過少均易發生卵泡囊腫。直腸檢查時卵巢增大，上有一個或數個波動的大卵泡，其壁厚，腔中充滿卵泡液，富含雌激素，臨床上表現發情周期縮短而發情持續延長，發情明顯，多爬跨，陰戶流多量黏液，呈慕雄狂癥狀。時間久之母牛會發生雄性化，頸粗短，毛粗，臀部粗大，薦骨高聳，尾高抬。對于卵泡囊腫牛除飼料上改變之外，可用藥物黃體生成素（LH）或絨毛膜促性腺激素(HCG)治療。配合維生素A.D則更好。 ②黃體囊腫：系卵巢上卵泡較大且深在，當其排卵后其黃體形成而不能完成添滿中空而留有≥0.8厘米直徑的空腔，稱為黃體囊腫。黃體囊腫母牛僅性周期稍延長而且不發情時間稍延長，其余無異常。其治療多用于前列腺素，同時注意子宮的凈化處理。 ③黃體化囊腫：是卵泡囊腫腔中的內壁細胞逐步發生黃體化而最終使卵泡囊腫變為黃體囊腫的中間過程。其早期階段為強烈多發情；中間階段表現飄忽不定的發情、休情交替，后期為持久不發情。其治療，在早期以LH、HCG、維生素A治療，后期以前列腺素治療為主。