使用多種疫苗預防不同的傳染病時，需要根據各種疫苗的免疫特性合理地制定預防接種的次數和間隔時間，即免疫程序，其主要內容包括疫苗種類、接種時間或接種動物日齡、接種方法、劑量、不同疫苗之間的間隔時間、同一種疫苗二次接種間隔的時間等。
科學的免疫程序不僅能有效防止畜禽疫病的發生，減少因疫病所造成的損失和危害，還可以減少抗生素的使用，降低藥物殘留量，發展無公害畜產品。因此每個鴨場尤其是種鴨場都應重視預防接種工作，制定一套適合自身的免疫程序，在最佳的接種時間，選擇合適的疫苗類型，采用正確的接種方法，保證種鴨的健康，規避養殖風險，提高養殖效益。
當前我國種鴨場免疫的現狀
近幾年，我國養鴨業雖有了很大的發展，但與豬、雞等相比，我國養鴨的規模依然相對較小，各科研單位對鴨各方面的研究相對滯后，成果相對較少，這其中就包括種鴨免疫這一技術。當前能見到的種鴨免疫很多都是參照種雞的免疫，或者根據管理經驗總結而得，這樣的免疫程序是否科學和有效，很難判斷。
當前，很多種鴨養殖場尤其是農村養殖戶，幾乎對種鴨的免疫程序一無所知，往往是從別人或其他場找來一個方案即盲目仿照使用，根本不考慮其合理與否，由此帶來的后果可想而知，不僅預防效果微乎其微，甚至人為造成了本地區未曾暴發的傳染病的發生和傳播。
制定種鴨場免疫程序的建議
掌握有關免疫的基本知識
為了制定合理的免疫程序，應首先熟悉有關的免疫名詞，如母源抗體、基礎免疫、加強免疫、毒株等。其中母源抗體是指雛鴨在孵化期從母體獲取得到的各種抗體，雛鴨初期接種疫苗會被相同鴨病母源抗體中和；基礎免疫是指鴨體的首次或最初幾次疫苗接種所出現的免疫效果在沒有達到較高抗體水平以前的免疫，大部分疫苗的基礎免疫需要接種多次才能達到滿意的免疫效果；各種疫苗接種后所產生的預防作用都有一定的期限，在基礎免疫后一定的時間，為使鴨體繼續維持牢固的免疫力，需要根據不同疫苗的免疫特性進行適時的再次接種，即所謂加強免疫；毒(苗)株則是從不同地區采集的病料中在實驗室條件下培養的病毒(細菌)，一種疾病一般存在眾多類型的毒(菌)株。
調查鴨場所在地的疾病發生和流行情況
疾病的發生具有地域性，通過對鴨場周邊地區疫病的調查了解，選擇相應的疫苗進行免疫本地曾發生過或正在發生的疾病，未曾在本地發生的疾病則不用免疫。用疫苗預防本地沒有發生過的病，不僅意義不大，而且浪費人力、財力，嚴重者會人為地將病源引進本場，導致該疫病的暴發。但應將禽流感等不存在地域性或危害嚴重的烈性傳染病無條件地納入免疫程序。
熟悉種鴨易患疫病的發病特點
熟悉種鴨主要疫病的發病日齡和流行季節，從而選擇在合適日齡、疫病高發季節來臨之前接種對應的疫苗，才能有效控制疫病。如鴨病毒性肝炎只發生于雛鴨階段，尤其是10日齡左右最高發，故種鴨的鴨病毒性肝炎首免就要在雛鴨到場1日齡內進行。此外，疫病的發生有一定的季節性，如秋冬季易發病毒性疾病，夏季多發細菌性疾病。
選擇合適的疫苗類型
疫苗一般有活苗、死苗、單價苗、多價苗、聯苗等多種類型，不同的疫苗，其免疫期與接種途徑也不一樣。種鴨場要根據實際需要選擇合適的疫苗類型，如新場址，幼齡鴨應選用滅活苗，預防選擇聯苗，而緊急接種使用單苗。另外，同一種鴨病由不同毒株所引起的，其抗原結構也不相同，必須選擇免疫原性相同的疫苗接種。
科學安排接種時間和間隔
(1)同時接種兩種或多種疫苗常產生干擾現象，故兩種病毒性活疫苗的接種時間至少間隔1周以上；免疫前后停止噴霧或飲水消毒，尤其是注射活菌苗前后禁用抗生素。
（2）在種鴨的一個生產周期內，某些疫苗需要多次免疫接種，這些疫苗的首次接種，應選擇毒力較弱的活毒苗做起動免疫，以后再使用毒力稍強的或中等毒力的疫苗做補強免疫接種。
(3)制定免疫計劃要結合本場的實際和工作安排，避開轉群、開產、產蛋高峰等敏感時期，以防止加劇應激。
考慮所飼養種鴨的品種特點
鴨的品種不同，對各種疾病的抵抗能力也不盡相同，由此對其免疫程序要有針對性。如櫻桃谷種鴨易患的疾病主要是病毒性肝炎、鴨瘟和鴨霍亂，故櫻桃谷種鴨養殖場(戶)在制定免疫程序時要重點考慮這三種疾病的免疫問題，而其他鴨病則可根據當地疫情靈活安排。
注意鴨體已有抗體水平的影響
種鴨體內已經存在的抗體會中和接種的疫苗，因此在種鴨體內抗體水平過高時接種，免疫效果往往不理想，甚至是反面的。種鴨體內抗體來源分為兩類：一是先天所得，即通過親代種鴨免疫遺傳給后代的母源抗體；二是通過后天免疫產生的抗體。
母鴨開產前已強制接種某疫苗，則其產種蛋孵出的雛鴨體內就含有高濃度的母源抗體，若此時接種疫苗則削弱雛鴨體內的母源抗體，使雛鴨在接種后幾天內形成免疫空白，增加疾病感染機會。故在購買雛鴨前，應先知道種鴨的免疫情況，對于種鴨已免疫的疫苗，雛鴨應推遲該疫苗的接種時間。
后天免疫應選在種鴨抗體水平到達臨界線時進行。抗體水平一般難以估計，有條件的種鴨場應通過監測確定抗體水平；不具備條件的，可通過疫苗的使用情況及該疫苗產生抗體的規律確定抗體水平。
