活疫苗免疫后常見的反應有：甩頭，流淚，打噴嚏，呼嚕，咳嗽等，這種反應一般在免疫后第2天～4天出現，再過5天～6天反應較重，以后逐漸減輕；有時出現精神不振、采食減少、拉綠色糞便等現象。常引起免疫反應的疫苗有ILT、IBD、ND等。

有些活疫苗可以根據是否出現反應來確定免疫效果。如雞痘疫苗接種后4天，接種部位可出現輕微腫脹，并出現黃色或紅色的結痂，反應持續3天～4天后減輕，14天～21天結痂消失。如沒出現這種反應，應在5天～7天后補種。球蟲疫苗免疫后，個別雞群拉紅色糞便，可自行恢復。傳喉凍干苗涂肛后，肛門黏膜發紅，有炎癥，標志免疫效果良好。一般來說，疫苗接種途徑的侵蝕性愈強，則疫苗反應就愈強烈，但產生的免疫力也愈強。例如，點眼法的侵害性強于粗粒噴霧，但產生的免疫力也強于粗粒噴霧，而粗粒噴霧的效果又優于飲水免疫。

由于其他因素的影響，如疫苗的種類、毒力、接種量、免疫途徑、雞群的健康狀況、敏感性以及是否發生細菌性感染等，免疫接種后常出現嚴重的反應，如生長率和飼料報酬降低，抵抗力下降，在病原微生物的侵害下極易引起發病，死淘率和藥物費用增加。