肉鴨防疫時要注意的問題有：為了預防傳染病的發生，養殖場必須制定合理的免疫程序以保護鴨群健康。一個地區鴨群可能發生的傳染病不止一種，而可以預防這些傳染病的疫苗（菌苗）的性質不盡相同，在鴨體內所產生的抗體并能抵抗病原微生物侵襲的期限（免疫期）也不同。因此，鴨群需使用多種疫苗（菌苗）來預防不同疾病，也需要根據各種疫苗（菌苗）的免疫特性來制定預防接種的次數和時間，這就形成了在實際中應用的免疫程序。一個合理的免疫程序能夠很好地預防疾病的發生，并盡量減少因為疫苗免疫給鴨群造成的應激反應。因此，種鴨免疫應避開產蛋高峰，雛鴨免疫應考慮母源抗體的存在。給鴨群打預防針既要減少人力、物力的浪費，又要提高免疫質量，關鍵要看免疫效果。鴨場可根據本地區和本場疾病發生情況，適時適度地引入疫苗進行免疫，例如在鴨肝炎的高發區或受肝炎威脅的地區就必須進行鴨傳染性肝炎的免疫。

疫苗免疫，對鴨群本身是一種應激，為了減小這種應激，可在飼料或飲水中添加多維電解質。不同季節，免疫接種要注意必要的細節問題。春初氣溫極低，使用油乳劑滅活疫苗時，先要將疫苗恢復至室溫，否則注射到皮下的疫苗形成疫苗團而不易吸收；夏季氣候炎熱，疫苗接種時，首先要保證充足的飲水，并且盡量將免疫時間安排在清晨涼爽的時候。免疫中，要不斷搖勻疫苗，使每只鴨都能獲得等量有效的抗原免疫。接種組織弱毒苗時，免疫全程時間最好控制在1個半小時內，以防疫苗在溫度過高的鴨舍中長時間暴露而影響病毒的免疫活性。