常用于種蛋消毒以預防胚胎垂直傳播的疾病，亦用于胚胎病的治療。

1.熏蒸法 將種蛋放入消毒箱或孵化器內，關閉門窗和出氣孔，將適量消毒藥加熱熏蒸霧化。消毒時間在30分鐘左右，常用于熏蒸法消毒的藥物有甲醛和高錳酸鉀等。

2.浸泡法 將種蛋置于一定濃度消毒液體中浸泡消毒，以殺滅種蛋表面的病原微生物或滲入蛋內殺滅病原體。為使藥物滲入蛋內，可用變溫法先將種蛋放入孵化器中，加溫至38度，經3~4小時，再取出種蛋并立即浸入3度~15度的藥液中，保持15分鐘。利用種蛋與藥液之間的濕度差形成蛋內負壓，使藥液滲入蛋內。

3.注射法 是將藥液直接注射到鴨胚的一定部位，如通過氣室注入蛋白內（如慶大霉素），注入蛋殼膜內（如維生素B1），以及注入絨毛膜或尿囊腔內，如疫苗接種，可用于鴨胚疾病的預防和治療以及疫苗接種等，這也是實驗室常用的經種蛋或鴨胚的給藥方法之一。