中草藥的抗菌作用一方面通過中草藥中含有抗菌物質如小檗堿、大蒜素、大黃、魚腥草素等植物殺菌素直接作用于微生物，另一方面通過調動機體的免疫系統來殺滅微生物。

常見的有穿心蓮、黃芩等。常見復方為，四味穿心蓮散、白頭翁散、四黃消炎散等。