獸用抗菌素在動物體內殘留積累，人食用后可引發過敏反應(變態反應)和中毒現象?；蚴箼C體產生耐藥性。過量使用抗菌素會使敏感菌產生耐藥性，使藥效下降。

藥物殘留還有致畸作用、致突變作用、致癌作用和激素(樣)作用。獸藥及其代謝產物通過糞便、尿等進入環境，被動植物富集，然后進入食物鏈，同樣危害人類健康。獸藥殘留嚴重影響畜禽產品出口貿易。