當前，對我國肉鴨養殖業危害較大的病毒性疾病主要有鴨流感、小鴨病毒性肝炎，鴨瘟（鴨病毒性腸炎）、番鴨細小病毒病等。肉鴨養鴨場應認真落實有關預防措施：

（1）建立嚴格的衛生清潔與消毒制度。應每日清除肉鴨舍內的糞便、保持清潔干燥，并制定嚴格的定期消毒制度。嚴格消毒是預防病毒性疾病發生的有效措施之一。建議在正常生產的鴨場，每周對肉鴨舍內外的地面、糞便、用具等進行全面系統消毒1次；正常進出鴨場的工作人員應在消毒后進入。

(2) 嚴禁在發生疫情或被懷疑有疫情的場地和水域及其附近區域放養鴨群、引進種鴨或雛鴨、購入鴨產品和飼料產品。

（3）制定科學的免疫程序，嚴格按照免疫程序接種疫苗。目前，我國飼養的商品肉鴨應嚴格免疫鴨流感疫苗；肉用種鴨需要免疫鴨流感疫苗、鴨瘟疫苗和小鴨病毒性肝炎疫苗。