（1）小腸球蟲感染：雖然該病的病因是多方面的，但小腸球蟲的感染是其主要的病因之一。雞群在20-40日齡時多發(fā)小腸球蟲，主要是因為球蟲在墊料和糞便中卵囊數(shù)量明顯增多，導(dǎo)致此階段球蟲的嚴(yán)重感染，特別是艾美爾球蟲的嚴(yán)重感染是導(dǎo)致本病危害加劇的重要原因。由于小腸球蟲在腸黏膜上大量生長繁殖、導(dǎo)致腸黏膜增厚，嚴(yán)重脫落及出血等病變，幾乎使飼料不能消化吸收，同時對水分的吸收也明顯減少，盡管雞大量飲水，也會引起脫水現(xiàn)象。

（2）病毒感染：許多病毒感染都可成為腸毒綜合癥發(fā)生的誘因之一。如呼腸弧病毒，它引起的腸炎可損害腸道吸收功能。感染呼腸弧病毒的仔雞典型癥狀為發(fā)育不良、生長停滯及腹瀉等，此外還有腺病毒、冠狀病毒等。

（3）細(xì)菌感染：在小腸球蟲感染的過程中，小腸球蟲在腸粘膜細(xì)胞里大量繁殖，耗費大量的氧，導(dǎo)致小腸粘膜組織產(chǎn)生大量乳酸，使腸道PH值嚴(yán)重降低，由于腸道PH值的改變，腸道菌群發(fā)生改變，有益菌減少，有害菌大量繁殖，特別是大腸桿菌，沙門氏菌、產(chǎn)氣夾膜桿菌等趁機(jī)大量繁殖，球蟲與有害菌相互協(xié)同，加強了致病性。

（4）電解質(zhì)大量丟失：球蟲和細(xì)菌大量快速生長繁殖，導(dǎo)致消化不良，腸道吸收障礙，電解質(zhì)吸收減少。同時，由于大量的腸粘膜細(xì)胞迅速被破壞，使電解質(zhì)大量丟失，會出現(xiàn)生理生化障礙，特別是鉀離子的大量丟失，會導(dǎo)致心臟的興奮過度增加，這也是肉雞猝死發(fā)病率明顯增多的原因之一。

（5）毒素的影響：外來的毒素可能存在于飼料中，也可能存在于飲水及飼料的副產(chǎn)品成分中，如黃曲霉素。體內(nèi)的毒素是指在發(fā)病過程中，大量的腸上皮細(xì)胞破裂，在細(xì)菌的作用下發(fā)生腐敗分解，以及蟲體死亡、崩解等產(chǎn)生的大量有毒物質(zhì)。這些有毒物質(zhì)被機(jī)體吸收后發(fā)生自體中毒，在臨床上出現(xiàn)軟腳、嗜睡、昏迷、衰竭、死亡等臨床癥狀。

(6)飼料中維生素、能量和蛋白質(zhì)的影響：飼料營養(yǎng)越豐富，發(fā)病率越高，癥狀也越重，而品質(zhì)較低的飼料相對發(fā)病率較低。這是因為在球蟲細(xì)菌的混合感染中，大量的能量、蛋白質(zhì)和部分維生素促進(jìn)二者大量繁殖，加重癥狀。