禽流感的癥狀依感染禽類的品種、年齡、性別、并發感染程度、病毒毒力和環境因素等而有所不同，主要表現為呼吸道、消化道、生殖系統或神經系統的異常。

常見癥狀有，病雞精神沉郁，飼料消耗量減少，消瘦；母雞的就巢性增強，產蛋量下降；輕度直至嚴重的呼吸道癥狀，包括咳嗽、打噴嚏和大量流淚；頭部和臉部水腫，神經紊亂和腹瀉。

這些癥狀中的任何一種都可能單獨或以不同的組合出現。有時疾病暴發很迅速，在沒有明顯癥狀時就已發現雞死亡。

另外，禽流感的發病率和死亡率差異很大，取決于禽類種別和毒株以及年齡、環境和并發感染等，通常情況為高發病率和低死亡率。在高致病力病毒感染時，發病率和死亡率可達100%。

禽流感潛伏期從幾小時到幾天不等，其長短與病毒的致病性、感染病毒的劑量、感染途徑和被感染禽的品種有關。