病雞精神沉郁，羽毛蓬松，頭卷縮，食欲減退，嗉囊內充滿液體，雞冠和可視粘膜貧血、蒼白，逐漸消瘦，病雞常排紅色葫蘿卜樣糞便，若感染柔嫩艾美耳球蟲，開始時糞便為咖啡色，以后變為完全的血糞，如不及時采取措施，致死率可達50%以上。若多種球蟲混合感染，糞便中帶血液，并含有大量脫落的腸粘膜。

病雞消瘦，雞冠與粘膜蒼白，內臟變化主要發生在腸管，病變部位和程度與球蟲的種別有關。

柔嫩艾美耳球蟲主要侵害盲腸，兩支盲腸顯著腫大，可為正常的3～5倍，腸腔中充滿凝固的或新鮮的暗紅色血液，盲腸上皮變厚，有嚴重的糜爛。毒害艾美耳球蟲損害小腸中段，使腸壁擴張、增厚，有嚴重的壞死。在裂殖體繁殖的部位，有明顯的淡白色斑點，粘膜上有許多小出血點。腸管中有凝固的血液或有葫蘿卜色膠凍狀的內容物。

巨型艾美耳球蟲損害小腸中段，可使腸管擴張，腸壁增厚；內容物粘稠，呈淡灰色、淡褐色或淡紅色。

堆型艾美耳球蟲多在上皮表層發育，并且同一發育階段的蟲體常聚集在一起，在被損害的腸段出現大量淡白色斑點。

哈氏艾美耳球蟲損害小腸前段，腸壁上出現大頭針頭大小的出血點，粘膜有嚴重的出血。

若多種球蟲混合感染，則腸管粗大，腸粘膜上有大量的出血點，腸管中有大量的帶有脫落的腸上皮細胞的紫黑色血液。