毒株問題，由于高致病性禽流感病毒易變，毒株之間也存在免疫性差異，不同禽類對同種疫苗的應答也有些不同。因此應篩選免疫性好的毒株生產疫苗；免疫抗原量問題，從免疫試驗和生產中使用結果表明，禽流感病毒可算在禽類病毒病中免疫性較差的一種病毒，疫苗免疫期較短。因此在生產疫苗時應考慮提高毒價和疫苗中的抗原量；由于陸禽有H5N1和H9N2亞型毒株感染致病，而水禽目前僅H5N1亞型感染致病，因此應有雞用和鴨用、鵝用滅活苗；由于不同禽類，應篩選出陸禽和鴨、鵝等專用性毒株生產疫苗。不能一毒株永不變打天下，雞、鴨、鵝和長期使用，防止商業運作；疫苗劑型，應根據防疫和撲滅等不同用途生產不同劑型滅活苗。油乳劑滅活苗一般15天左右才能產生較高抗體，屬于預防型疫苗，在緊急情況下用它很難起作用。而用另一劑型滅活苗，一般在5～7天能產生較高抗體，較快控制疫病的流行，在緊急情況可發揮其作用。

免疫程序 滅活疫苗有免疫保護性，是預防本病的主要措施、關鍵手段和最后防線。應選用與本地流行毒株的或占優勢相同亞型毒株的滅活苗免疫。滅活疫苗免疫應根據禽的品種及其用途和本病的流行情況決定其免疫程序。

肉用水禽：飼養期為40天左右的肉用水禽。有本病流行的區域內，應在5～7日齡進行免疫，每羽皮下或肌肉注射0.5ml（毫升）滅活苗。在無本病流行的區域，可在10～15日齡進行免疫，每羽皮下或肌肉注射0.5ml（毫升）油乳劑滅活苗，或0.5ml（毫升）滅活苗。

飼養期為40天以上的肉用水禽，或商品水禽。有本病流行的區域，首免應在5～7日齡進行免疫，每羽皮下或肌肉注射0.5ml（毫升）、滅活苗。無本病流行區域內，可在10～15日齡進行免疫，每羽皮下或肌肉注射0.5ml（毫升）油乳劑滅活苗。二免在一免后30天左右進行免疫，每羽肌肉注射0.5～1.0ml（毫升）油乳劑滅活苗或滅活苗。

種鵝、種鴨和蛋鴨：首免、二免按上方法進行免疫。三免在產蛋前15天左右進行免疫，種禽每羽肌肉注射1.0～1.5ml（毫升），蛋鴨每羽1.0ml（毫升）油乳劑滅活苗。在產蛋中期（即三免后3個月）進行四免，劑量同三免。體型大的種禽應適當加大疫苗劑量，以確保免疫效果。