隨著生豬生產規模化、集約化和機械化程度的提高，生豬養殖業污染問題已相當嚴重。豬場廢棄物必須走無害化處理或資源化利用之路，才能改善人們生存環境，保持畜牧業生產與環境協調，實現畜牧業可持續發展。

當前，規模化豬場產生的污染主要表現為：生豬排泄物及其產品加工廢棄物的污染、傳播人畜共患病、飼料添加劑和藥物在畜產品中的殘留、超標準添加微量元素等。

生豬排泄物中的主要成分是含氮化合物、鈣、磷、粗纖維、微量元素及其他藥物等。這些污物直接排入自然水體，導致水生生物大量繁殖，消耗水中氧氣，從而威脅魚類生存。而產品加工廢棄物包括毛發、血液和下腳料，這些廢棄物如不及時處理，與糞便一同丟棄，也會造成污染。

而人畜共患傳染病主要載體是糞便及排泄物，其中最典型的是寄生蟲病、豬鏈球菌病等。在人畜共患傳染病中，烈性疾病給人類健康造成很大威脅。

由于規模化養殖業的發展，大量使用促生長劑、抗生素已成為生豬疾病防治的主要手段，而濫用藥物的現象普遍存在，這會造成豬肉中藥物的殘留，給食用的人造成的危害是不可估量的。

飼料中人為添加高銅、高鐵、高鋅等微量元素，有的元素添加比例超出正常需求百倍，另外還有危害大的汞、鉛、砷、鎘等重金屬，它們在豬體內無法代謝完畢并隨著糞便排泄，當進入水體和土壤后，部分被動植物所吸收，可致使人畜中毒、死亡或患癌癥。

針對畜牧業污染的治理，各省市政府對于新建達到標準化要求、污染排放達標的示范場，可采取“以獎代補”的形式給予資金補貼。通過政策的傾斜，調動養殖場對環境污染治理的積極性，加大對環境保護和安全畜產品生產的投入力度，從而逐步實現畜牧業的可持續發展。

規模化養豬場通常采用水沖式清糞方式，雖然在一定程度上減少了勞動強度，但會增加糞便污水的處理難度，使污染物的污染面擴大。規模化豬場在生產中應采取干清糞、勤打掃、少沖欄，將污染物的排放減量到最低。改變水沖式清糞方式，實現干濕分離。干糞送至干糞處理池，干糞池上能遮雨，池內不滲漏；每個干糞池的容量以其養殖規模而定，不得少于10天的干糞儲存量。定期送至有機肥廠，通過發酵處理，殺滅其中的病原微生物，作為有機肥使用。糞水污物排到沉淀池中，不得直接外排，沉淀池的容量應考慮生豬排尿量加沖水量相平衡。沉淀池至少應建設成三級，糞水經逐級沉淀、過濾、氧化、排放。豬場配置兩條排水系統，將雨水與生豬排泄物、沖洗圈舍的排放管（溝）道分設，各歸其道。雨水通過溝渠直接排放到自然溪溝，進入河流。糞尿及沖洗液經糞溝或專用管道輸入沉淀池等治污系統，定期清除沉淀物。

在郊區規模豬場，應推廣發酵床養豬技術，利用周圍自然環境采集多種有益微生物，通過對這些微生物進行培養、擴繁，形成有相當活力的微生物母種，再按一定比例將微生物母種、鋸木屑以及一定量的輔助材料和活性劑混合、發酵形成有機墊料。豬的排泄物被有機墊料里的微生物迅速降解、消化，不再需要對豬的排泄物進行人工清理，以達到零排放，生產有機豬肉，同時減少對環境污染的目的。

疫病是嚴重危害生豬可持續發展的關鍵，只有建立健全各省市自上而下的獸醫防疫體系，特別是健全鄉鎮獸醫服務體系，才能切實做好生豬疫病防控工作。轄區各縣財政每年都要拿出經費，作為村級防疫員的勞務費。畜牧主管部門加大對防疫員的考核力度，加強生豬防疫管理，指導養殖場（戶）建立健全防疫制度，按科學程序開展免疫，定期進行徹底消毒。保持疫情形勢穩定，減少死亡率，保證生豬健康生長，從而保證畜牧業的可持續發展。

各省市動物衛生監督所和畜產品檢測中心，應強化生豬產地、屠宰、運輸、市場等環節的檢疫監控并逐步加強對飼料和添加劑、獸藥和生物制品、動物健康狀況、有害物殘留、畜禽場環境狀況、畜產品加工及銷售過程等的安全監控，尤其加強畜產品銷售過程中的監督和執法力度，杜絕不法商販用不合檢疫衛生標準的肉食品來擾亂市場，危害人們身心健康。