溫度控制 保存種蛋適宜的溫度范圍為13℃～18℃。如果要求保存時間短，則宜采用溫度上限；如果要求保存時間長，則應采用溫度下限。當環境溫度高出胚胎發育的適宜溫度時，則會導致胚胎發育不完全和不穩定，容易引起胚胎早期死亡；若環境溫度長時間偏低，雖然胚胎發育處于靜止狀態，但會使胚胎活力嚴重下降。

濕度要求 種蛋殼上有許多氣孔，在保存期間，蛋內水分通過氣孔不斷被蒸發，必須使儲蛋室保持一定的濕度。種蛋儲存室適宜的相對濕度為70％~80％。在此范圍內既能明顯降低蛋內水分的蒸發，又可防止霉菌滋生。

定時翻蛋 種蛋保存期間，宜將種蛋鈍端朝下放置。這樣可使蛋黃位于種蛋的中心。實驗表明，種蛋小頭向上大頭向下存放能提高孵化率。種蛋保存1周以內不必翻蛋，保存時間稍長時（1周以上），每天應翻蛋1次~2次，以防胚胎與殼內膜粘連及胚胎早期死亡。可采用以下簡單的翻蛋方法：將裝種蛋的蛋箱一側下面放一塊厚25cm左右的木塊或磚頭，每天將其挪放于另一側箱子下面，反復挪放2次位置即可。或使蛋架車、蛋箱位置側轉25°～30°也為同樣效果。

環境要求 接觸種蛋的蛋箱、蛋托、蛋架等要消毒。儲存室的隔熱性能要好，防凍，防熱，防止室內溫度變化過大，防蚊蠅鼠；保持清潔衛生、空氣新鮮；避免陽光直射和冷風直吹種蛋。

貯藏時間限制 在通常條件下，種蛋的保存期與出雛率成反比。一般要求種蛋保存期限以5天～7天為宜，最長不要超過兩周。若超過兩周，其孵化率將低于60％。如果不具備適宜的保存條件，應縮短保存時間。溫度在25℃以上時，種蛋保存最多不超過5天；溫度超過30℃時，種蛋應在3天內入孵。否則出雛率和健雛率均會明顯降低。

保存種蛋新法 日本一家養雞場研究出一種延長種蛋保存期的新方法：把種蛋放進用塑料薄膜制成的袋子內，并向袋中投放脫氧劑，使袋子內保持無氧狀態。然后將袋子放在溫度為10℃左右的低溫儲藏室內保存。采用這種新方法保存的種蛋，兩周后的出雛率為90％，3周后的出雛率為68％，4周后的出雛率為60％，是通常保存期的兩倍。

及時消毒 消毒是確保種蛋較好保存的重要條件。消毒應在種蛋進入儲存室前進行。每天撿完蛋后，立刻集中在一起進行消毒。可采用以下消毒方法：熏蒸消毒是孵化場最常用的方法，操作簡便，節省人力，殺菌效果好。可用福爾馬林熏蒸消毒和過氧乙酸熏蒸消毒。注意所使用的藥液應現配現用。

噴霧消毒 這種方法對環境要求不高，節省人力。在操作過程中，霧滴大小是關鍵，注意不要在蛋表面形成水流，造成水洗蛋，這樣會影響藥物的滲透消毒作用。選用的藥物有百毒殺、抗毒威等。

浸泡消毒 浸泡消毒適用于小規模生產種蛋的消毒，尤其是清潔度較差的種蛋，但費時費力且易造成破損。應根據不同的藥物要求浸泡不同時間，消毒后的種蛋不宜久存。選用的藥物有新潔爾滅、碘液等。